یکی از مسائلی که پیرامون زندگی امام رضا(ع) مورد بحث مورخان بوده است، موضوع شهادت آن حضرت میباشد. به گفته مرحوم سید جعفر شهیدی، علت این امر این بوده است که مورخان بعضی فرق مختلف اسلامی همچون اهل حدیث و عامه اهل سنت، معتقد بودند که اطاعت از حکام (ولو ظالم) واجب است.
این مورخین تمام تلاش خود را برای تطهیر چهره حکام معاصر ائمه اطهار(ع) به کار میگرفتند. چنانچه بسیاری از مورخان همچون ابن خلدون درباره شهادت حضرت رضا(ع) سعی در کتمان واقعیت داشته و مطالبی دور از عقل و تصور همچون خوردن بیش از حد انگور را، به عنوان علت شهادت آن حضرت(ع) ذکر کردهاند. بنابراین شهادت امام رضا(ع) یکی از مباحثی بوده است که مورخان شیعه نیز به آن پرداخته و اندیشمندان مختلفی به زوایای مختلف آن پرداختند.
مرحوم دکتر سید جعفر شهیدی از جمله متفکرینی است که در این زمینه کار کرده و نظرات مختلف در زمینه شهادت آن حضرت را بررسی و نقد کرده است.(زندگى سیاسى هشتمین امام، ص 202 ، سید جعفر شهیدى) وی با بررسی نظریات مختلف مورخین در باب شهادت آن حضرت، معتقد است نظریه درست، شهادت امام رضا(ع) میباشد، چرا که شیعیان به عنوان کسانی که بهتر و عمیقتر به احوال امامان خود مىپرداختند و دلیلى هم براى تحریف یا کتمان حقایق در این زمینه نداشتند، به طور کلى این نظر را تایید کردهاند. دکتر شهیدی همچنین با ذکر اسامی تعدادی از مورخین و دانشمندان اهل سنت همچون ابن حجر، مسعودى، ابن صباغ مالکى، قلقشندى، قندوزى حنفى، جرجى زیدان، ابوبکر خوارزمى، ابوالفرج اصفهانى، ابوزکریا موصلى، ابن طباطبا، شبلنجى، دکتر کامل مصطفى شیبى و غیره، از آنها به عنوان افرادی یاد میکند که منکر مرگ طبیعى امام(ع) بوده و یا لااقل مسمومیت وى را قولى مرجح دانستهاند.
شهید مطهری(ره) نیز از دیگر متفکرانی هست که به این بحث در کتاب سیری در سیره ائمه اطهار(ع) پرداخته است. وی در پاسخ به سوال فردی راجع به مسمومیت حضرت رضا(ع) و نظر شهید مطهری در اینباره، معتقد است که مجموع قرائن همچون حدیث معروف «یعنى هیچ کدام از ما (ائمه) نیستیم الّا اینکه کشته شدیم یا مسموم شدیم»، نشان میدهد که مسمومیت و شهادت آن حضرت، از نظر تاریخ امری مسلّم میباشد. شهید مطهری مینویسد «یکی از قرائن و علل اساسی شهادت آن حضرت، همان قیام بنى العباس در بغداد بود. مأمون در حالى حضرت رضا را مسموم کرد که از خراسان به طرف بغداد مىرفت و مرتب [اوضاع بغداد را] به او گزارش مىدادند. به او گزارش دادند که اصلًا بغداد قیام کرده. او دید که حضرت رضا(ع) را معزول که نمىتواند بکند، و اگر با این وضع هم بخواهد برود آنجا کار بسیار مشکل است. براى اینکه زمینه رفتن به آنجا را فراهم کند و به بنى العباس بگوید کار تمام شد، حضرت را مسموم کرد. آن علت اساسىاى که مىگویند و قابل قبول هم هست و با تاریخ نیز وفق مىدهد همین جهت است؛ یعنى مأمون دید که رفتن به بغداد عملى نیست و بقاى بر ولایتعهد هم عملى نیست و اگر به این شکل بخواهد به بغداد برود محال است که بغداد تسلیم بشود و یک جنگ عجیبى درمىگیرد. وضع خود را خطرناک دید. این بود که تصمیم گرفت هم فضل را از میان بردارد و هم حضرت رضا(ص) را، که فضل را در حمام سرخس از بین برد.»
به نظر شهید مطهری، هر چند ممکن است یک مورخ اروپایی و مورخ سنی قول و دیدگاه عدم شهادت آن حضرت را اتخاذ کنند، اما از نظر روایات شیعى شکى نیست که مأمون حضرت رضا(ع) را مسموم کرده است.(مجموعه آثار استاد شهید مطهرى، ج18، ص: 146) بنابراین میتوان گفت مأمون وجود امام رضا (ع) را مانعی در مقبولیت خود در بغداد می دانست از سوی دیگر اقبال مردم مدینه و مکّه به امام رضا(ع) نیز مضاف بر علت بوده است تا او تصمیم بگیرد که این مانع را از سر راه خود بردارد، چنانچه خود بدان اشاره کرده است، اما نبایستی عوام فریبی و سیّاس بودن مأمون را نیز فراموش کرد. استاد مطهری(ره) مینویسد: مأمون، امام رضا را شهید کرد. بعد خودش بیش از همه مشت به سرش می زند و فریاد میکند و مرثیه سرایی میکند و لذا تاریخ را در ابهام گذاشته بحدّی که عدهای نمیتوانند باور کنند مأمون خود امام رضا را شهید کرد.
(مطهری، مرتضی، سیری در سیره نبوی، تهران: انتشارات صدرا، ص257)