دومين برخورد زشت مامون كه پس از ولايتعهدي نسبت به امام رضا عليه السلام انجام داد، مساله برهم زدن جلسات علمي آن حضرت بود. زيرا هنگامي كه از شكست خوردن امام در جلسات دانشمندان مايوس گرديد و مشاهده كرد كه هر لحظه شخصيت نهفته امام عليه السلام براي دوست و دشمن آشكار مي شود، سخت به وحشت افتاد. در يك مورد خود اقدام به برهم زدن جلسه مباحثات علمي امام عليه السلام كرد و در مورد دوم به محمد بن عمرو طوسي دستور داد تا مردم را از حضور امام طرد كرده و جلسه را به هم بزند.
ابن شهرآشوب از طبري نقل مي كند: «از عده اي دعوت شد تا در حضور مامون با امام رضا عليه السلام درباره امامت بحث و گفت وگو كنند. پس از دريافت اجازه، يحيي بن ضحاك سمرقندي را برگزيده و به محضر امام عليه السلام فرستادند. حضرت فرمود: اي يحيي! بپرس. يحيي گفت: اي فرزند رسول خدا! تو بپرس كه مايه شرف و سربلندي من شود. حضرت فرمود: اي يحيي! چه مي گويي درباره مردي كه ادعاي راستي براي خود كرده و راستگويان را تكذيب نموده است، آيا يك چنين فردي در دينش صادق و محق است يا دروغ گو است؟ يحيي يك ساعت سر در گريبان برده، هر چه فكر كرد، نتوانست جوابي بدهد. مامون گفت: اي يحيي! جواب بده. يحيي پاسخ داد: وي حجت را از دستم گرفته است و هيچ گونه پاسخي ندارم.
مامون به امام گفت: اين چه مساله اي است كه يحيي اقرار به عجز كرده است؟
امام فرمود: اگر يحيي گمان دارد كه بر آن شخص لازم است كه راستگويان را تصديق كند پس بر چنين كسي كه عليه خودش شهادت عجز و ناتواني داده، امامتي نخواهد بود كه سر منبر رسول خدا صلي الله عليه و آله بگويد: من سرپرستي شما را به عهده گرفتم، در حالي كه بهتر از شما نيستم، در حالي كه امير از رعيت بهتر است. و همچنين اگر يحيي گمان برد كه او صادقين و راستگويان را تصديق كرده پس امامتي براي اقرار كننده عليه خودش نخواهد بود كه بر فراز منبر بگويد: در وجود من شيطاني هست كه مرا پيوسته در معرض كار اشتباه و خلاف قرار مي دهد، در حالي كه در امام، شيطان وجود ندارد. اگر يحيي گمان كند كه وي راستگويان را تصديق كرده، باز هم براي آن فرد امامتي ثابت نخواهد شد. زيرا وقتي كه دوستش درباره اش اقرار كرده كه امامت ابوبكر كاري برخلاف مصالح امت بوده كه خداوند همگان را از شرش حفظ كرد و هر كه شبيه آن را انجام دهد، او را بكشيد، زمينه امامت براي او ثابت نمي باشد. اين جا بود كه مامون از روي خشم و عصبانيت بر سر حاضران فرياد كشيد كه همگان از ترس و وحشت مجلس را ترك گفته و متفرق شدند