موسی بن جعفر ( ع ) به جرم حقگویی و به جرم ایمان و تقوا و علاقه مردم زندانی شد . حضرت موسی بن جعفر را به جرم فضیلت و اینکه از هارون الرشید در همه صفات و سجایا و فضائل معنوی برتر بود به زندان انداختند . شیخ مفید
درباره آن حضرت می گوید : " او عابدترین و فقیه ترین و بخشنده ترین و بزرگ منش ترین مردم زمان خود بود ، زیاد تضرع و ابتهال به درگاه خداوند متعال داشت . این جمله را زیاد تکرار می کرد :
" اللهم انی أسألک الراحة عند الموت و العفو عند الحساب
" (
خداوندا در آن زمان که مرگ به سراغم آید راحت و در آن هنگام که در برابر حساب اعمال
حاضرم کنی عفو را به من ارزانی دار
) . امام موسی بن جعفر ( ع ) بسیار به سراغ فقرا می رفت . شبها در ظرفی پول و آرد و خرما می ریخت و به وسایلی به فقرای مدینه می رساند ، در حالی که آنها نمی دانستند از ناحیه چه کسی است . هیچکس مثل او حافظ قرآن نبود ، با آواز خوشی قرآن می خواند ، قرآن خواندنش حزن و اندوه مطبوعی به دل می داد ، شنوندگان از شنیدن قرآنش می گریستند ، مردم مدینه به او لقب " زین المجتهدین " داده بودند . مردم مدینه روزی که از رفتن امام خود به عراق آگاه شدند ، شور و ولوله و غوغایی عجیب کردند . آن روزها فقرای مدینه دانستند چه کسی شبها و روزها برای دلجویی به خانه آنها می آمده است .