در اواخر دهه 90 سرانجام دوره مسنجرهای اولیه متنی به پایان رسید و عصر مسنجرهای مدرن اینترنتی مبتنی بر رابط‌های كاربری گرافیكی آغاز شد.این مسنجرها كه امروزه برای عموم كاربران اینترنت شناخته شده هستند، نمونه های مختلفی دارند كه از جمله آنها می توان به PowWow، ICQ و مسنجر شركت AOL‌ موسوم به AIM اشاره كرد.
البته شاید یكی از اولین مسنجرها از این نوع CU-SeeMe باشد كه در سال 1992 عرضه شد و اگر چه در ابتدا امكانات محدودی برای چت های صوتی و تصویری داشت، اما به تدریج پیشرفته تر شد و به كاربران امكان داد تا انواع پیام ها را برای یكدیگر تایپ كنند. شركت AOL‌بعدها با خرید شركتی به نام Mirabilis كه خالق مسنجر ICQ‌ بود، توانست مسنجر خود را متحول كند و امكانات زیادی را به آن بیفزاید.
با افزایش اقبال عمومی به مسنجرها و رشد تصاعدی كاربران آنها شركت های مختلف فناوری اطلاعات به این فكر افتادند كه هر چه سریع تر مسنجرهای اختصاصی خود را طراحی كنند، لذا شركت های آی تی بزرگ دهه 90 هر یك مسنجرهای خاصی را طراحی و عرضه كردند كه از جمله انها می توان به Excite، MSN، Ubique و یاهو اشاره كرد.
از مسنجرهای آن عصر برخی دیگر به تاریخ پیوسته اند و برخی با تحولات اساسی كماكان به فعالیت خود ادامه می دهند. هر یك از این مسنجرها از پروتكل ها و كلاینت های خاص خود برخوردارند و سازگاری چندانی با یكدیگر ندارند. بنابراین اگر كاربری كه از مسنجریاهو استفاده می كرد قصد داشت با كاربر مسنجر MSN چت كند، چاره ای نداشت تا یك شناسه در نرم افزار مسنجر یاد شده به وجود آورد.
در سال 1998 شركت IBM محصولی به نام IBM Lotus Sametime را عرضه كرد. این مسنجرمبتنی بر فناوری بود كه HBM از طریق همكاری با دو شركت Ubique و Databeam به دست آورده بود.
مسنجرهایی كه تاكنون معرفی كردیم همگی كد-بسته بودند و دسترسی عمومی به كدهای آنها برای همگان ممكن نبود. اما در سال 2000 یك نرم افزار متن باز مبتنی بر استانداردهای باز بر مبنای پروتكلی به نام Jabber عرضه شد. این پروتكل بعدها در قالب نام XMPP استاندارد شد كه مخفف عبارت Extensible Messaging and Presence Protocol بود.
سرورهای XMPP می توانستند به عنوان دروازه ای به سوی دیگر پروتكل های مسنجرها عمل كنند و از نیاز به اجرای كلاینت های متعدد بكاهند. كلاینت های سازگار با پروتكل های متعدد می توانند از همه پروتكل های محبوب مسنجرها استفاده كنند و برای این كار از روش های مختلفی بهره می برند. IBM در سال 2007 نسخه تازه ای از Lotus Sametime عرضه كرد كه در آن از XMPP پشتیبانی شده بود. امروزه استفاده از مسنجرها تا بدان حد گسترش یافته كه حتی شبكه های اجتماعی و سایت های مجازی شبكه ای به نرم افزارهای مسنجر مجهز شده اند تا كاربران انها به راحتی بتوانند با یكدیگر گفت‌وگو كنند.
بسیاری از مسنجرهای امروزی مجهز به امكاناتی برای برقراری تماس های ویدیویی هستند. از جمله امكانات جدیدی كه در مسنجرها گنجانده شده می توان به Voice Over IP یا (VoIP) و خدمات كنفرانس تحت وب اشاره كرد. سرویس های كنفرانس تحت وب را می توان با تماس های ویدیویی و قابلیت های دیگر مسنجرها ادغام كرد و از آنها به طور یكپارچه و بر حسب نیازهای خاص هر كاربر استفاده كرد.
برخی شركت های عرضه كننده و طراح مسنجر به كاربران امكان می دهند تا برخی منابع موجود در رایانه ها را به اشتراك بگذارند. سرویس های مدرن IPTV یا تلویزیون اینترنتی هم در تعدادی از مسنجرها وجود دارد. شاید جالب باشد كه بدانید اصطلاح پیام رسان فوری یا Instant Messenger اصطلاحی ثبت شده توسط شركت تایم وارنر بوده و شركت های واقع در داخل خاك ایالات متحده كه با AOL‌رابطه كاری نداشته باشند، حق استفاده از این اصطلاح را برای نرم افزارهای مسنجر خود و هرگونه نرم افزار رایانه ای مشابه ندارند.
همین مساله باعث منازعات حقوقی متعددی در داخل ایالات متحده بوده كه معمولا با پیروزی شركت AOL‌ به پایان رسیده است. از جمله در آوریل سال 2007 طراحان یك نرم افزار مسنجر كه به Gaim یا gaim مشهور بود، مجبور شدند نام این نرم افزار را تغییر داده و عنوان جدید Pidgin را برای آن انتخاب كنند.