بعد از بیعت اجباری علی (ع) به خانه خود رفت و از مردم کناره گرفت، و بعد به پیروان خود فرمود: من به پنج پیغمبر در پنج مورد، اقتدا کرده‏ام (کار من شبیه کار آنها است):
1- از حضرت نوح (ع) آن جا که به خدا عرض کرد:
رب انی مغلوب فانتصر: پروردگارا من مغلوب این قوم (طغیانگر) شده‏ام، انقام مرا از آنها بگیر (قمر - 10).
2- از حضرت ابراهیم (ع) آن جا که به مشرکان فرمود: و اعتزلکم و ما تدعون من دون الله: و از شما و آنچه غیر از خدا می‏خوانید کناره‏گیری می‏کنم (مریم - 48).
3- از حضرت لوط (ع) آن جا که به قوم سرکش خود فرمود: لو ان لی بکم قوة او آوی الی رکن شدید: ای کاش در برابر شما، قدرتی داشتم، تا تکیه‏گاه و پشتیبان محکمی در اختیار من بود (هود 80).
4- از موسی (ع) که به فرعونیان گفت: ففرت منکم لما خفتکم: پس از شما فرار کردم هنگامی که از شما ترسیدم (شعرا - 21).
5- و هارون (برادر موسی (ع)) که به موسی (ع) گفت: ان القوم استضعفونی و کادو یقتلوننی: مردم مرا تضعیف کردند و نزدیک بود که مرا به قتل رسانند (اعراف -150).
سپس به جمع‏آوری و تنظیم قرآن پرداخت و آن را در جامه‏ای پیچید و آن را بسته و مهر نمود و به مردم فرمود: این کتاب خدا است که آن را طبق امر و وصیت پیامبر(ص) همان گونه که نازل شده است جمع آوری نموده‏ام.
بعضی از حاضران گفتند: قرآن را بگذار و برو.
فرمود: رسول خدا(ص) به شما فرمود: من در میان شما دو یادگار گرانمایه می‏گذارم، کتاب خدا و عترت من، و این دو از هم جدا نمی‏شوند تا این که در کنار حوض کوثر بر من وارد گردند پس اگر سخن پیامبر (ص) را قبول دارید، مرا با قرآن بپذیرید، که بر اساس دستورات قرآن بین شما حکم می‏کنم.
قوم گفتند: ما نیازی به تو و قرآن تو نداریم، اکنون آن قرآن را بردار و ببر و از آن جدا نشو.
حضرت علی (ع) از قوم، روی گردانید و به خانه‏اش رفت، و شیعیان او نیز خانه نشین شدند، زیرا رسول خدا(ص) از آنها پیمان گرفته بود که چنین کنند.
ولی آن قوم، دست نکشیدند، به خانه علی (ع) هجوم آوردند و در خانه‏اش را سوزاندند و آن حضرت را با اجبار به سوی مسجد بردند، و فاطمه (س) را در کنار در خانه، در فشار قرار دادند به طوری که فرزندش محسن، سقط گردید.
به علی (ع) گفتند: بیعت کن، او بیعت نکرد و گفت: بیعت نمی‏کنم، گفتند: اگر بیعت نکنی تو را می‏کشیم.
فرمود: اگر مرا بکشید، من بنده خدا و برادر رسول خدا(ص) هستم، دستش را باز کردند ولی آن حضرت دستش را بست، باز کردن دست او بر آنها سخت شد، در حالی که دستش بسته بود، (دست ابوبکر را) بر دست او مالیدند.(58)