علی رغم کارشکنیها و تبلیغات سوء منافقان، رسول خدا صلی الله علیه و آله و سلم علی (علیه‏السلام) را جانشین خود در مدینه ساخت و در ماه رجب سال نهم هجری به همراه سپاهی عظیم، راه پرمشقت شمال را در پیش گرفت علت انتخاب علی (علیه‏السلام) باری جانشینی در مدینه بر اساس آنچه در منابع تاریخی آمده است.(265)
این بود که پیامبر صلی الله علیه و آله و سلم از سوء نیت اعراب و بسیاری از مدرم مکه که با آنان جنگیده و خون بستگانشان را ریخته بود و منافقان مدینه که به بهانه‏هایی از شرکت در این نبرد سرباز زده بودند مطلع بود، و بیم آن می‏رفت که این عناصر از غیبت طولانی پیامبر صلی الله علیه و آله و سلم و دیگر مسلمانان استفاده کنند و به مدینه بتازند، لذا وجود امیرمؤمنان (علیه‏السلام) در مدینه همچون خود پیامبر صلی الله علیه و آله و سلم عامل مهمی در ترساندن دشمنان و پاسداری از مرکز حکومت اسلامی بود، از این رو پیامبر صلی الله علیه و آله و سلم به هنگام معرفی حضرت علی (علیه‏السلام) به جانشینی خو فرمود:
ان المدینة لا تصلح الا بی‏اوبک مدینه جز با وجود من یا تو اصلاح نپذیرد.(266) یکی از توطئه‏های منافقان که با نقش قبلی آنها ریخته شده بود قتل علی (علیه‏السلام) و رسول خدا صلی الله علیه و آله و سلم بود. لذا صد نفر از آنان در مدینه برای قتل علی (علیه‏السلام) و چهارده نفر هم برای قتل پیامبر صلی الله علیه و آله و سلم با سپاه حرکت کردند. با حرکت سپاه اسلام به سوی تبوک و ماندن علی (علیه‏السلام) در مدینه منافقان همه نقشه‏های خود را نقش بر آب دیدند و دست به توطئه جوسازی و شایعه پراکنی زدند. امیرمؤمنان (علیه‏السلام) با شنیدن سخنان واهی آنها مبنی بر اینکه رسول خدا صلی الله علیه و آله و سلم از روی بی‏مهری علی (علیه‏السلام) را با خود نبرده است خود را به پیامبر رسانید و جریان را گزارش داد. رسول خدا صلی الله علیه و آله و سلم فرمود: دروغ می‏گویند بلکه تو را برای نگهداری آنچه پشت سرم هست گذاردم. آیا راضی نیستی نسبت تو به من، همان مقام و منزلت هارون نسبت به موسی باشد؟ جز آنکه پس از من پیامبری نیست. سپس رسول خدا صلی الله علیه و آله و سلم به آن حضرت دستور داد به مدینه بازگردد و جانشین وی در دار الهجرة و خانواده‏اش باشد.(267)