بعد از رحلت پیامبر صلی الله علیه و آله و سلم ابوبکر و عمر و عثمان هر کدام در گرفتاریهای سیاسی؛ اجتماعی؛ دینی؛ فقهی؛ جنگی؛ خود از حضرت علی (علیه‏السلام) استفاده می‏کردند؛ ولی هیچ کدام از آنها با اطلاع به شایستگی‏های حضرت، به واگذاری مسئولیتهای حساس حکومت خود به علی (علیه‏السلام) پرهیز می‏کردند. ابوبکر در زمینه جنگ با روم با اصحاب پیامبر صلی الله علیه و آله و سلم مشورت کرد، رأی قانع کننده‏ای از آنها نگرفت لذا از علی (علیه‏السلام) سؤال کرد حضرت فرمود: ان فعلت ظفرت اگر انجام دهی پیروز خواهی شد و در جریان جنگ با مرتدین (جنگ ذوالقصه) ابوبکر قصد کرد که از مدینه خارج شود و در جنگ حضوری مستقیم داشته باشد، لیکن امام مانع این تصمیم او شد ابن اثیر در نام کارگزاران حکومتی خلیفه اول نوشته است ابوعبیده امور مالی را بر عهده گرفت و عمر قضاوت را داشت و علی بن ابیطالب (علیه‏السلام) و زیدبن ثابت و عثمان نامه‏ها را می‏نوشتند.(451) در همین زمینه امام باقر (علیه‏السلام) می‏فرماید موقعی که مردم با ابوبکر بیعت کردند امیرالمؤمنین (علیه‏السلام) از ادعای خلافت دست کشید چرا که می‏ترسید مسلمانان یک باره بسوی بت پرستی بازگردند و ندای لااله الاالله محمد رسول الله صلی الله علیه و آله و سلم فراموش شود. علی (علیه‏السلام) چنان صلاح اندیشید که حق را مسکوت بگذارد تا همه معارف و احکام ریشه کن نشود(452) البته حضرت با خلقی امام گونه خود را از کسی دریغ نمی‏کرد و به کلیه مراجعات خلفا پاسخ می‏داد از جمله اینکه: روزی عمر با صحابه پیامبر صلی الله علیه و آله و سلم درباره زمینه اراضی کوفه مشورت کرد برخی گفتند: آنان را بین ما تقسیم کن اما او با علی (علیه‏السلام) مشورت کر. حضرت فرمود: اگر آن را تقسیم کنی برای نسل آینده چیزی نمی‏ماند آنان را در دست اهالی آن باقی بگذار تا کشت زرع کنند بعد از آنها خراج بگیر تا منبع درآمدی باری مسلمانان باشد. البته در این دوره (خانه نشینی حضرت) عده‏ای از یاران آن حضرت در مشاغل حکومتی راه یافتند بی‏تردید نمی‏توان این حرکت را از آنان بدون رضایت امام دانست، چند نمونه از این موارد عبارتند از 1- استانداری سلمان فارسی بر مدائن. 2-نصب عمار یاسر بر فرماندهی جنگ و امامت جماعت کوفه. 3- انتصاب عثمان بن حنیف و حذیفةبن یمانی برای مساحی و خراج گذاری اراضی کوفه و نصب عمار یاسر در امارت کوفه را می‏توان نام برد.