زندانی شدن مجرمان در عصر حکومت علی (علیه‏السلام) یکی از کیفرهایی بود که می‏توانست در مواردی کارگشا باشد در این نوشته به گوشه‏هایی از این روش اشاره می‏شود:
بعضی موارد حبس در مورد خیانتهای اداری بوده است که از آن جمله مسؤول بازار اهواز به نام ابن هرقه مرتکب خیانتی شده بود. امام در نامه‏ای به رفاعة بن شداد بجلی (قاضی و والی اهواز) نوشتند که ابن هرقه را از کار برکنار کند و او را به حبس اندازد و هر روز جمعه او را زا زندان بیرون آورده و تازیانه به او فرود آرد و در بازارها او را بگرداند و در زندان خوار و ذلیل زندگی کند، و پاهای او بسته باشد و فقط به هنگام ادای نماز او را باز کند و هیچ کس با او در زندان تماس نگیرد و اگر کسی چنین کرد و به او تلقین نمود و امید داد تماس گیرنده با تازیانه تعزیر شود و شبانگاه، زندانیان از داخل زندان بیرون برده شوند و به محوطه آزاد آورده شوند اما او از چنین امکانی بهره نبرد مگر ترس تلف شدن او باشد...(927) و امام در مواردی دیگری مثل خیانتهای مالی والیان خود منذربن جارود؛ یزید بن حجیه التیمی نیز دستور دادند که آنان را به زندان اندازند.(928)