در دوره خلافت امام علی (علیه‏السلام) ارتدادهایی رخ داد حضرت در کیفر آنان به شیوه‏هایی برخورد کردند. گفته شده است که جمعی در کوفه مرتد شدند. امام آنان را کشت و سپس دستور داد آنها را بسوزاند.(933) و در نقل دیگری می‏خوانیم که مردی از مسلمانان نصرانی شد و امام از او خواست که توبه کند و او نپذیرفت حضرت موی او را گرفت. سپس به مردم گفتند که او را لگدمال کنند، و مردم نیز چنان کردند تا او هلاک شد، همچنین زن نصرانی که مسلمان شده بود مجدد در ازدواج با مرد نصرانی به کیش سابق خود بازگشته بود. امام فرمودند:
انا احبسها حتی تضع ولدها الذی فی بطنها فاذا ولدت قتلتها؛ زن را محبوس می‏کنم تا وضع حمل کند سپس او را خواهم کشت.(934)