وقتی گروه گمراه خوارج از راه مذاکره به راه نیامدند. امام دید عبدالله بن راهب و حرقوص بن زهر فریاد کشیدند آیا کسی از شما مشتاق رفتن به بهشت نیست؟
و به سوی سپاه امام حمله کردند و یکی از یاران امام را شهید کردند امام با مشاهده آن فرمود:
الله اکبر! دیگر قتال با آنها حلال است لذا فرمان جنگ داد.
در کمتر از یک ساعت تمامی خوارج جز نفر از آنها که فرار کردند کشته شدند از یاران امام فقط 2 نفر شهید شدند از عایشه روایت می‏کنند که وقتی خبر کشته شدن خوارج را شنید و متوجه شد امام علی (علیه‏السلام) آنان را کشته است گفت: از پیامبر صلی الله علیه و آله و سلم شنیدم که فرمود: اینها بدترین مردم و از دین خارج شدگان‏اند. سپس گفت: رحمت خدا بر علی باد! که حق همیشه با اوست!
امام پس از خاتمه جنگ دستور داد مجروحان خوارج را از میان کشته‏ها جدا کرده و مداوا کنند و همه توابین آنها را بخشید.