موحوم آیت الله سید احمد موسوی از علمای نجف اشرف بود، شخصی نیکوکار به نام یوسف از اهالی کمره(قریه‏ای در چند فرسخی خمین) به زیارت عتبات عالیات می‏رود، و به نجف اشرف مشرف شده تا پیشوائی را برای ارشاد اهالی خمین و حومه دعوت نماید.
اتفاقا مرحوم آیت الله سید احمد موسوی، قبول این دعوت کرده و به شوی خمین رهسپار می‏گردد، و بعدها با دختر مرحوم یوسف مرده‏ای ازدواج مینماید، و از فرزندانشان، یک دختر و پسر بنامهای صاحبهو مصطفیباقی می‏ماند.
مرحوم سید مصطفی نیز همچون پدرش، به نجف اشرف رفته و به تحصیلات علوم دینی ادامه می‏دهد و نیز به شهر سامراء رفته در حوزه درس مرحوم میرزای شیرازی شرکت نموده و در زمره علماء و مجتهدین عصر خود قرار می‏گیرد.
و پس از بازگشت از سامراء و نجف اشرف، به خمین آمده و پیشوائی مذهبی خمین و حومه را به عهده می‏گیرد.
مرحوم آیت الله سید مصطفی (پدر بزرگوار امام خمینی )با دختر مرحوم آیت الله میرزا احمد که از علمای والا مقام و مدرسین عالیقدر نجف اشرف و کربلا بود ازدواج می‏نماید.
سه پسر ارجمند که آخری آنها حضرت امام خمینی است از ثمرات این ازدواج مقدس است.
حضرت امام خمینی (قدس سره )در سالروز تولد حضرت فاطمه زهرا علیه‏السلام یعنی روز بیتم جمادی الثانیه سال 1320 قمری در خمین دیده به جهان گشود، و هنوز پنج ماه از عمر شریفش بیشتر نگذشته بود که پدر بزرگوارش حشرت آیه الله سید مصطفی موسوی در سن 49 سالگی در ماه ذیحجه بین راه اراک به خمین، مورد سوء قصد بعضی از اشرار قرار گرفته و به شهادت می‏رسد، و جنازه آن بزرگوار الهی را به نجف اشرف برده و در کنار قبر جدش دفن میکنند. (و شهادت او حکایت از شهامت و تحرک او در مبارزه با مفسدین و اشرار دارد ).
با شهادت ایشان، خواهر والا قدرشان صاحبهبه خانه برادر شهیدش رفته، و سرپرستی کودکان او را همراه مادر آنها به عهده می‏گیرد.
و حضرت امام خمینی در حالی که سن شانزده سالگی را می‏گذراند، با فوت مادر بزرگوارش مرحومه هاجر، رو برو می‏شود، این رنجها و سوگها، نه تنها در روح بزرگ حضرت امام، اثر منفی نگذاشت بلکه او را انسانی کار آزموده و ورزیده و با روحی مستقل و استوار، بار آورد(210).