در مدارس نظامیه هر دانشجویی اتاقی خاص خود داشت و مقرری ماهیانه می‌گرفتند و خوراک و خوابگاه نیز بر عهده دانشگاه بود. خواجه‌نظام الملک نظامیه نیشابور را برای ابو المعالی جوینی ساخت کهجوینی به مدت 20 سال در آنجا به تدریس اشتغال داشت و شاگردانی همچون غزالی را تربیت نمود و از بزرگترین دانشگاه‌هایی که خواجه تأسیس کرد نظامیه بغداد بود که در آن زمان بیش از 6000 دانشجو داشت و در طول تاریخ اساتید برجسته‌ای همچون محمد غزالی، سعدی شیرازی، ابواسحاق شیرازی و غیره در آن به امر تدریس اشتغال داشتند . و علاوه بر ساختن دانشگاه ، خواجه خدمات فراوان دیگری همچون آب انبار، گرمابه، بازار، بیمارستانها را به جهانیان عرضه کرد و قرن پنجم را مبدل به شکوفاترین قرون فرهنگی اسلام ساخت. خصوصیات اخلاقی خواجه وی شخصیتی بسیار دلسوز و مهربان و نرم دل بود و به اجرای عدالت در میان مردم بسیار مشتاق بود ابن کثیر در البدایة و النهایة نقل می‌کند که زنی ضعیف و درمانده از خواجه یاری طلبید و خواجه نیز لب به سخن با او را گشود و در کنارش ایستاد تا به مشکلش رسیدگی کند و آن زن نیز مشکلات خود را به خواجه بازگو می‌کرد پاسبانان خواجه خواستند زن را از کنار خواجه دور نمایند اما خواجه خطاب به آنان فرمود: «شما برای خدمت به چنین انسانهای ضعیف و درمانده‌ای انتخاب شده‌اید وگر نه پادشاهان و امراء نیازی به خدمت شما ندارند.» مجلس خواجه نظام الملک مملو از علماء و دانشمندان و فقها بود تا جایی که بسیاری بر وی خرده می‌گرفتند که همنشینی با علما تو را از مسایل سیاسی باز داشته است اما خواجه می‌فرمود: «آنها زیبایی دنیا و آخرت می‌باشند و اگر آنها را بر سرم قرار دهم باز هم آنها بزرگتر از آنند.» وی انسانی بسیار متواضع و فروتن بود ابن الجوزی در المنتظم می‌گوید: هرگاه ابوالقاسم قشیری و امام الحرمین جوینی بر خواجه نظام الملک وارد می‌شدند در مقابل آنها بر می‌خواست و آنها را در کنار خود می‌نشاند و خود بر جایش می‌نشست و هنگامی که ابوعلی فارمزی بر او وارد می‌شد در مقابل وی برمی‌خواست و او را به جایگاه خود می‌نشاند و خود روبروی او زانو می‌زد امام الحرمین توسط پاسپان خواجه گلایه خود را از این موضوع به سمع وی رساند امام در جواب فرمود: «ابوالمعالی جوینی و ابوالقاسم قشیری و امثال آنها زمانی که بر من وارد می‌شوند بسیارمرا تمجید می‌کنند و مرا از منزلتی که در آن هستم بالاتر می‌برند و سخن آنان سبب ایجاد کبر در درون من‌ می‌شود هرگاه فارمزی به نزد من می‌آید عیوب و ظلمهای مرا یادآور می‌شود که سبب می‌شود اعمال خود را اصلاح نمایم» ابن أثیر در الکامل در مورد تواضع خواجه می‌گوید: ( شبی خواجه نظام الملک در کنار برادرش غذا میل می‌نمود و در سوی دیگر برادرش امیر خراسان و در کنار امیر خراسان مرد فقیری بود که دستش قطع شده بود. نظام الملک متوجه شد که امیر خراسان خود را از نزد فقیر کنار می‌کشید و از خوردن غذا به همراه او خودداری می‌کند لهذا امیر خراسان را بر جای خود نشاند و خود به کنار انسان فقیر بی‌دست رفت و همراه او به خوردن غذا مشغول شد.) خواجه نظام الملک دارای ویژگی‌های خوب زیادی بود. هر گاه صدای اذان را می‌شنید از هر کاری دست برمی‌داشت و بر اوقات نماز مواظبت می‌نمود و همواره روزهای دوشنبه و پنجشنبه را روزه می‌گرفت و بسیار صدقه می‌بخشید و انسانی بردبار ، شکیبا و باوقار بود. امام ذهبی در سیر اعلام النبلاء می‌گوید: «خواجه نظام الملک از کسانی بود که خیر و تقوای فراوانی در آنها دیده می‌شد و گرایش خاص به انسانهای صالح داشت و از پند و اندرزهایشان متأثر می‌گشت و اگر کسی عیوب وی را برایش بازگو می‌کرد از آن شخص قدردانی می‌نمود و وی را گرامی می‌داشت و گریه می‌کرد و اشک از چشمانش سرازیر می‌شد و هیچگاه بدون وضوء در مجلس نمی‌نشست و گاهی نبود که وضو بگیرد مگر اینکه با آن وضو نماز سنت می‌خواند و هر گاه مؤذن از اذان گفتن غافل می‌گشت او را یادآور می‌شد».  حس میهن پرستی و جایگاه خواجه نظام در نزد سلطان ملکشاه و مردم برای بعضی‌ها ناخوشایند بود و کسانی نبودند جز باطنیان که معتقد بودند مفاهیم دینی علاوه بر معانی ظاهری دارای معانی باطنی می‌باشد و هر کس که به معانی باطنی معتقد نباشد در غل و زنجیر شرع اسیر گشته است این گروه با مفاهیم شرع بازی می‌کردند و سبب ایجاد اضطراب فکری در میان مسلمین می‌شدند .باطنیان با حمله به شهرهای مختلف ایران جوی های فراوانی از خون روان ساختند در اصفهان هزارها نفر توسط باطنیان جان خود را از دست دادند که خواجه نظام الملک به مبارزه با باطنیان پرداخت و نقشه های شوم آنان را برملا ساخت و سلطان ملکشاه را در حمله بر علیه آنان یاری نمود خواجه فرمانده‌هان نظامی خود را شخصاً انتخاب کرده و روانه جنگ می‌نمود که از زمره‌ی فرمانده هان وی آق سنقر جد نورالدین محمود بود. باطنیان که از مبارزه با خواجه ناتوان شده بودند تصمیم گرفتند از طریق دیگری وی را از راه بردارند روز پنجشنبه موافق با دهم رمضان سال 485 هجری قمری خواجه به نزدیکی نهاوند رسیدند در آنجا سلطان و خواجه و همراهان جهت افطار اطراق نمودند و به محض اطراق فقهاء و علماء و دانشمندان گرداگرد وی حلقه زدند و نیازمندان برای رفع نیازهایشان به خدمت وی آمدند خواجه‌نظام الملک توسی در آنجا در جمع دانشمندان ارزش و اهمیت نهاوند را که صحابه در عهد حضرت عمر در این سرزمین جنگیده بودند را بیان می‌کرد و فرمود: خوشا به سعادت کسی که به آنها ملحق شود. زمانی که خواجه از افطار فارغ شد شخص باطنی در لباس صوفی خود را به خواجه نزدیک نمود و خود را محتاج و نیازمند معرفی کرد خواجه نظام الملک هم از روی مردم دوستی و دلسوزی‌اش باب سخن با وی را گشود که ناگهان دستان پلیدی از آستین باطنیان سر بر آورد و با خنجری قلب شیر مرد تاریخ ایران را درید اما پس از فرار پای قاتل با طناب خیمه‌ای گیر کرد و به زمین افتاد و او را دستگیر کردند اما خواجه فرمود قاتل مرا رها کنید زیرا من او را بخشیدم.ملکشاه پادشاه ایران پس از شنیدن خبر بر بالین خواجه حاضر گشت... اما خواجه در آخرین لحظات عمر بود و خیلی زود روح از تنش پرکشید. هنگامی که خبر وفات خواجه منتشر شد، حزن و اندوه سراسر ایران را فرا گرفت . غم و عزاداری مردم ماهها به طول انجامید .