به طور کلي مجموعه ابنيه آستانه شامل : سردر و گلدسته هاي آن , صحن حسينيه (ميرداماد ) , صحن ورواق شاه عباسي ( مورخ سال 998 هجري قمري ) , حرم و مرقد , گنبد , رواق جنوبي , چله خانه , آرمگاه شاه خليل , رواق شمالي , صحن وکيل الملکي واماکن و مقابر ديگري نيز مي باشد .گنبد زيرين مزار شاه داراي کاربندي بسيار زيباست و گنبد روئين با کاشيکاري فيروزه اي مزين شده و بر گريوگنبد عبرات " يا مقلب القلوب و الابصار و سبحان الله و الحمدالله و لااله الا الله و الله اکبر " با خط بنايي از کاشي به چشم مي خورد . سه طرف مرقد را رواق وکيل الملکي احاطه نموده و در طرف جنوب گنبد رواق شاه عباسي قرار دارد. درهاي زيباي مقبره عمل " عليشاه نجار " مي باشد. بر بدنه شمالي سردر ورودي به حرم , داخل رواق شاه عباسي سنگ زيبايي مزين به نام دوازده امام (ع) نصب است که شخصي به نام قطب الدين نذر شاه نموده است . در زاويه جنوب شرقي حرم , دري خاتمکاري است که به چله خانه باز مي شده و اکنون چله خانه جزو رواق شده است .چله خانه احتمالا" قبل از عصر صفويه ساخته شده که در زمان احداث رواق آن را حفظ نموده اند. تزئينات داخل آن بنا به تنوع رنگها مربوط به دوران بعد از تيموريان است. چله خان نيز مانند گنبد از قديمي ترين آثار ساختماني مجموعه است . در شرقي , رواق شرقي , به صحن دلگشايي باز مي شود که سي ودو متر عرض و چهل و چهار متر ارتفاع دارد. باني اين صحن , محمد اسماعيل خان وکيل الملک مي باشد . از ملحقات آستانه کاروانسرائي است از دوره قاجاريه که کنار ضلع غربي آستانه قرار گرفته است. اين کاروانسرا که ورودي آن در جهت شمال واقع شده از شاه نشين و صحن و حجره هائي دراطراف تشکيل مي شده است اين کاروانسرا به مرور به صورت نيمه مخروبه در آمده و عملا" استفاده اي از آن نمي شد تا اينکه برنامه تعميرات احياي کامل کاروانسرا انجام گرديد. قبر امير نظام گروسي در جنوب ايوان وکيل الملکي قرار دارد .در آستانه شاه نعمت الله موزه اي است که در آن اشياي نسبتا"نفيسي وجود دارد. دراين موزه دو صفحه از قرآني باقي مانده که به خط کوفي است وسبک نگارش آن , تاريخ کتاب را مطمئنا" از هشتصد سال پيشتر مي برد .