عمارت مرتضوي از سه مجموعه فضايي تشكيل شده كه در سه جبهه و در يک حياط مربع شكل قرار گرفته اند. اين عمارت داراي گودال باغچه بوده و حياط در طبقه بالا به صورت سطح باريكي اين گودال باغچه‌ را دور مي ‌زند و فضاهاي سه جبهه‌ را به يكديگر پيوند مي ‌دهد. اين سطح از حياط در ضلع شمالي، توسط دو رديف پله مستقيم به كف گودال باغچه متصل مي ‌شود. فضاهاي جبهه شمال باختري عمارت مرتضوي از طبقه همكف، ارتفاعي معادل دو طبقه دارد و بلند تر از ساير قسمت‌هاست. اين جبهه از ايوان و تالاري پنج دري در ميانه و دو اتاق سه دري در دو سوي ايوان برخوردار است. جبهه جنوب خاوري اين عمارت از فضايي يک پارچه با چند رديف ستون به يک تالار مياني و دو سه دري در طرفين تقسيم شده است. تكرار ستون‌ها در طرفين ورودي هاي تالار، شکلي از كفش كن را القا مي ‌كند . اين فضاي وسيع از يک سو به اتاقي بدون نورگير و از سويي ديگر به ورودي خانه مرتبط مي ‌شود و به اين طريق مي ‌تواند به صورت فضايي مستقل مانند يک حسينيه در عمارت مورد استفاده قرار گيرد. فضاهاي جبهه جنوب باختري عمارت مرتضوي با تركيبي غيرمتعارف از يک راهروي عريض در ميانه نماي اين جبهه و دو اتاق سه دري در دو سوي آن تشکيل شده است و حياط خلوتي غيرمنظم در پشت گوشه باختري اين جبهه واقع شده و‌ به اين ترتيب يكي از اتاق‌هاي سه دري مذكور از دو ضلع به فضاهاي باز گشوده مي ‌شود.در زير سه جبهه اين عمارت سرداب‌هاي مفصلي قرار گرفته‌اند. سرداب جبهه شمال باختري مشتمل بر يک فضاي وسيع در عقب و فضايي ايوان مانند در جلوست كه با حياط گودال باغچه در ارتباط كامل است. اتاق‌هاي ديگري نيز در اطراف اين فضاها ساخته شده‌ است. سرداب جنوب خاوري از يک تالار و اتاقي در پشت آن و دو اتاق در طرفين تالار تشکيل شده است . فضاهاي تالار نيز تبادل هوايي كامل با حياط دارد و هر يک از اتاق‌هاي طرفين تالار يک فضاي نيمه باز كم عمق در مقابل خود دارد.در زير زمين جبهه جنوب باختري دو اتاق با پيش فضايي در مقابل خود و حياطي مركزي با حوض مستطيلي در وسط و باغچه بندي متقارن نسبت به حوض آرايش يافته است.فضاي باز ديگري در شمال خاوري حياط اصلي عمارت مرتضوي وجود دارد كه امروزه كاملا به حياط خانه متصل است اما در گذشته اين گونه نبوده است. حياط دوم بنا نيز مانند حياط اصلي خانه در دو طبقه ساخته شده ولي داراي شكل هندسي كاملي نيست. در هر يک از طبقات همكف و زيرزمين جبهه جنوب خاوري اين بخش سه اتاق ساده با ورودي هاي جداگانه در طبقه همكف هستند و‌ مي‌توانند به صورت فضايي مستقل از ساير فضاهاي مجموعه عمل کنند. در جبهه شمال باختري اين حياط در سطح گودال باغچه يک رواق و در جبهه شمال خاوري همين سطح، طاق نماهايي مشاهده مي شود. ديدن عمارت مرتضوي در پيش چشم هيچ بازديد کننده اي خالي از لطف نيست .