مشکلات موجود در بخش کشاورزی را می توان به دو دسته تقسیم کرد. بخش اول مشکلات به تولید مربوط می شود و بخش دیگر به مشکلات حوزه بازاریابی. در قسمت تولید، مشکل اساسی کشاورزی ایران، عدم توجه و سرمایه گذاری لازم در تحقیقات کشاورزی است.

نگرشی که در چند سال اخیر وجود داشته، بیشتر متوجه عملیات اجرایی بخش کشاورزی بوده است؛ به همین جهت از توجه کافی نسبت به تحقیقات بخش کشاورزی بازمانده ایم و سرمایه گذاری های لازم را در این بخش انجام نداده ایم. در این راستا باید به گندم اشاره داشت که به خاطر عدم توجه به تحقیقات لازم و با توجه به عواملی از جمله خشکسالی و کاهش بارش ها به یکباره از خودکفایی به واردکننده عمده گندم بدل شدیم. این مسأله نشان می دهد که ما در زمینه تحقیقات عقب هستیم و باید توجه بیشتری به آن داشته باشیم. اما در قسمت بازاریابی، مشکلات این بخش را هم می توان به دو دسته تقسیم نمود. دسته اول، عمدتاً ناشی از ساختار سنتی بازاریابی بخش کشاورزی است و ما در بخش بازاریابی و فروش، به دنبال روش سنتی فروش از تولیدکننده به واسطه هستیم که این واسطه ها شامل خریداران محلی و عمده فروشان می شوند که در این روش، فروشندگان از قدرت چانه زنی بالایی برخوردار نیستند و غالباً محصولاتشان را با قیمت پایینی می فروشند. لازمه مقابله با این مشکل، نوسازی بازاریابی محصولات کشاورزی است.