مدّرس پس از نُه سال اسارت در خواف ، بدنبال اجراى نقشه رضاخان ، روانه كاشمر(از توابع استان خراسان در 219 كيلومترى مشهد) شد. حوالى ، غروب بيست و هفتم ماه رمضان سال 1351 ه‍ .ق (دهم آذر 1316 ه‍ .ش ) سه ماءمور به نامهاى جهانسوزى ، مستوفيان ، و خلج (سر پاسبان كاشمر) به عنوان ديدار به نزد مدّرس كه در خانه نجّارى اقامت داشت روانه شدند.
مدّرس در اين هنگام روزه بود و به خيال آنكه ميهمان برايش رسيده است با ديدن آنها، مشغول تعارفات معمولى شد و از آنها دعوت نمود كه افطار را ميهمان او باشند. آنگاه ماءمورين لبخند تلخى زدند و يكى گفت فعلاً افطار شده و شما بهتر است با ما چاى بخوريد. مدّرس از طرز رفتار و نجواهاى كه اين سه با هم داشتند متوجه منظور شوم آنها شد. ولى بدون آنكه هراسى به دل راه دهد با روحى استوار و در نهايت آرامش ، بر سر سجاده اش قرار گرفت تا آنكه صداى روح نواز اذان مؤ ذن به گوشش ‍ رسيد.
هنگام افطار است و مدّرس مى خواهد با مختصر قوّتى كه دارد، روزه اش ‍ را افطار كند. جهانسوزى به تندى قورى را كه بر روى سماور بود برداشت و به استكانى چاى ريخت و آن را به خلج داد. خلج سمّ مهلكى را كه بصورت گردى بود در استكان چاى خالى كرد و آن را در مقابل مدّرس گذاشته و گفت : بخور، مدّرس با خونسردى كامل استكان چاى را بر داشته و در چند جُرعه خورد و به نماز ايستاد، نماز مغرب به پايان رسيد، ولى از اثرات سمّ خبرى نبود. آقا بر سر سجاده نشسته و به تسبيحات اربعه حضرت زهراعليهاالسّلام مشغول است ، بعد از اتمام تسبيحات براى اقامه نماز عشاء ايستاد. سه دژخيم با وحشت به مدّرس نگريسته و در برابرش ‍ احساس ناتوانى كردند. زمان همچنان سپرى و رعب و وحشت قاتلان را مشوّش نمود. مستوفيان بيش از اين تاب نياورد و از طول ساعات بر خود لرزيد. تصميم گرفت كار را زودتر تمام كند. در اين حين هر سه عمامه سيّد را در حال نماز از سرش برداشته و برگردنش انداختند و از دو سوى آن را چنان كشيدند تا راه لب بر كلام سرخ مدّرس بسته شد. و بدين ترتيب مدّرس ‍ بزرگ ، مجتهدى عالى مقام و مبارزى پارسا و پايدار را غريبانه در 69 سالگى به شهادت رساندند. پس از آن جيبهاى سيّد را كاويده و تنها دارايى او را كه سى ريال بود بيرون آوردند و بعد از اتمام ماءموريت به مركز مخابره نمودند كه :
((سيّد حسن مدّرس به دليل بيمارى فوت نموده است !)).⁽⁴⁷⁾