مفسران و محدثان شیعه و اهل تسنّن تصریح کرده‌اند که آیه مباهله در حق اهل بیت پیامبر (علیهم السلام) نازل شده است و پیامبر(ص) تنها کسانی را که همراه خود به میعادگاه برد، فرزندانش حسن و حسین و دخترش فاطمه و دامادش علی علیهم السلام بودند. بنابراین منظور از «اَبْنائَنا» در آیه منحصرا حسن و حسین (علیهما السلام) هستند، همان طور که منظور از «نِساءَنا» فاطمه (علیها السلام) و منظور از «اَنْفُسَنا» تنها علی (علیه السلام) بوده است. این آیه هم چنین به این نکته لطیف اشاره دارد که علی (علیه السلام)، در منزلت جان و نفس پیامبر است.

نزول آیه تطهیر در روز مباهله
روزی که پیامبر خدا (ص) قصد مباهله کرد، قبل از آن عبا بر دوش مبارک انداخت و حضرت امیرالمؤمنین، فاطمه، حسن و حسین (علیهم السلام) را در زیر عبای مبارک، جمع کرد و گفت: «پروردگارا، هر پیغمبری را اهل بیتی بوده است که مخصوص ترینِ خلق به او بوده‌اند. خداوندا، اینها اهل بیت من هستند. پس شک و گناه را از ایشان برطرف کن و ایشان را پاکِ پاک گردان». در این هنگام جبرئیل نازل شد و "آیه تطهیر" را در شأن ایشان فرود آورد: «همانا خداوند اراده فرمود از شما اهل بیت، پلیدی را برطرف فرماید و شما را پاکِ پاک گرداند».

ابتدا استدلال و منطق، سپس مباهله، آخرین راهکار
خداوند، پیش از نازل کردن دستور آیه مباهله، در آیاتی دیگر، به چگونگی تولد عیسی علیه السلام می‌پردازد و مسیحیان را با منطق، عقل و استدلال روبرو می‌کند و از آنان می‌خواهد که عاقلانه به موضوع بنگرند. 
فرشته وحی نازل شد و این سخن خدا را بر قلب پیامبر (ص) جاری ساخت:
انّ مثل عیسی عندالله کمثل آدم خلقه من تراب ثم قال له کن فیکون. (سوره آل عمران، آیه 59) به درستی که مَثَل عیسی نزد خداوند مانند آدم است که خدا او را از خاک آفرید.
در این آیه، با بیان شباهت تولد حضرت عیسی علیه السلام و حضرت آدم علیه السلام، یادآوری می‌کند که خدواند، حضرت آدم، را با قدرت بی پایان خود، بدون این که دارای پدر و مادری باشد، از خاک آفرید و اگر نداشتن پدر گواه این باشد که مسیح، فرزند خداست، پس حضرت آدم، برای این منصب شایسته تر است؛ زیرا او نه پدر داشت و نه مادر. بنابراین، ولادت مسیح بدون پدر، هرگز دلیل بر الوهیّت او نیست. اما با وجود گفتن این دلیل، آنان قانع نشدند و همچنان بر عقید اشتباه تثلیث در مسیحیت، پافشاری کردند، آنگاه خداوند به پیامبر خود، دستور مباهله داد تا حقیقت آشکار، و دروغ گو رسوا شود.
بنابراین پیامبر (ص)، در ابتدا سعی کرد با دلایل روشن و قاطع آنان را آگاه کند، اما چون استدلال، موجب تنبّه و آگاهی آنان نشد و با لجاجت و ستیز آنان مواجه گشت، به امر الهی به مباهله پرداخت. خداوند در آیه 61 سوره آل عمران می‌فرماید:
فَمَنْ حَاجَّکَ فِیهِ مِنْ بَعْدِ مَا جَاءَکَ مِنَ الْعِلْمِ فَقُلْ تَعَالَوْا نَدْعُ أَبْنَاءَنَا وَأَبْنَاءَکُمْ وَنِسَاءَنَا وَنِسَاءَکُمْ وَأَنْفُسَنَا وَأَنْفُسَکُمْ ثُمَّ نَبْتَهِلْ فَنَجْعَلْ لَعْنَتَ اللَّهِ عَلَى الْکَاذِبِینَ.
هرگاه بعد از دانشی که به تو رسیده، کسانی با تو به محاجّه و ستیز برخیزند، به آن‌ها بگو بیایید فرزندانمان و فرزندانتان و زنانمان و زنانتان، و ما خویشان نزدیک و شما خویشان نزدیک خود را فرا خوانیم؛ سپس مباهله کنیم و لعنت خدا را بر دروغ گویان قرار دهیم.

مباهله، یعنی نفرین الهی بر دروغ‌گویان باد
در روایات اسلامی آمده است که چون موضوع مباهله مطرح شد، نمایندگان مسیحی نجران از پیامبر(ص) مهلت خواستند تا در این کار بیندیشند و با بزرگان خود به مشورت بپردازند. نتیجه مشاوره آنان که از ملاحظه‌ای روان شناسانه نیز سرچشمه می‌گرفت، این بود که به افراد خود دستور دادند اگر مشاهده کردید محمد(ص) با سر و صدا و جمعیت و جار و جنجال به مباهله آمد با او مباهله کنید و نترسید؛ زیرا در آن صورت حقیقتی در کار او نیست که متوسل به جار و جنجال شده است و اگر با نفرات بسیار محدودی از نزدیکان و فرزندان خردسالش به میعادگاه آمد، بدانید که او پیامبر خداست و از مباهله با او بپرهیزید که خطرناک است.
طبق توافق قبلی، پیامبر(ص) و نمایندگان نجران برای مباهله به مکان موردنظر، رفتند. ناگاه، نمایندگان نجران دیدند که پیامبر(ص)، فرزندش حسین علیه السلام را در آغوش دارد، دست حسن علیه السلام را در دست گرفته و علی و زهرا علیهما السلام همراه اویند و به آن‌ها سفارش می‌کند هرگاه من دعا کردم شما آمین بگویید. مسیحیان، هنگامی که این صحنه را مشاهد کردند، سخت به وحشت افتادند و از این که پیامبر(ص)، عزیزترین و نزدیک‌ترین کسانِ خود را به میدان مباهله آورده بود، دریافتند که او نسبت به ادعای خود ایمان راسخ دارد؛ زیرا در غیر این صورت، عزیزان خود را در معرض خطر آسمانی و الهی قرار نمی‌داد. بنابراین از اقدام به مباهله خودداری کردند و حاضر به مصالحه شدند.

عاقبت نصرانی‌ها در صورت اجرای مباهله
هنگامیکه هیئت نجرانی، پیامبر(ص) را در اجرای مباهله مصمّم دیدند، سخت به وحشت افتادند. ابوحارثه که بزرگ‌ترین و داناترین آنان و اسقف اعظم نجران بود گفت: «اگر محمد (ص) بر حق نمی‌بود، چنین بر مباهله جرئت نمی‌کرد. اگر با ما مباهله کند، پیش از آن که سال بر ما بگذرد، یک نصرانی، باقی نخواهد ماند». و به روایت دیگر گفت: من چهره‌هایی را می‌بینم که اگر از خدا درخواست کنند که کوه‌ها را از جای خود بکند، هر آینه خواهد کَند. پس مباهله نکنید که در آن صورت هلاک می‌شوید و یک نصرانی بر روی زمین نخواهد ماند. ( مکارم شیرازی، آیات ولایت در قرآن، ص 204) 

پیام های داستان مباهله پیامبر
از داستان مباهله پیامبر با مسیحیان و دستور آیه مباهله، می توان به پیام هایی، اشاره کرد، از جمله:
1. پیامبر، حاضر شد برای اثبات حقانیت دین اسلام، خود و نزدیک‏ ترین بستگانش را در معرض خطر قرار دهد «من بعد ما جاءک من العلمِ».
2. آخرین برگ برنده و سلاح برنده مؤمن، دعاست «فقل تعاوا ندع».
3. در مجالس دعا، کودکان و فرزندان پیامبر نیز شرکت داشتند «أَبناءنا».
4. استمداد از غیب، تنها پس از بکارگیرى توانایى‏هاى عادّى است «نبتهِل».
5. حالات اهل دعا مهم است، و نه تعداد آنها. مباهله کننده ها، پنج نفر بیشتر نبودند.«أَبْناءَنا»، «نِساءَنا»، «أَنْفُسَنا».
6. علىّ بن ابى طالب، جان و نفس و خود پیامبر است «أَنفسنا».
7. اهل بیت پیامبر و اصحاب کساء به تصریح آیه مباهله، مستجاب الدعوة هستند.
8. فرزند دخترى، همچون فرزند پسرى، فرزند خود انسان است «أَبنائنا»، بنا براین امام حسن و امام حسین، فرزندان پیامبرند.( قرائتی، تفسیر نور، ج ۲، ص ۷۸) 

پیام های مباهله پیامبر با مسیحیت در عصر معاصر
 و اما واقعه مباهله، از جهات مختلفى، حائز اهمّیت و قابل تأمّل و بررسى است. مهم ترین و برجسته ترین نکاتى که در این رویداد ملاحظه مى شود، عبارت اند از:
اثبات جانبدارى اسلام از منطق و استدلال
اولین نکته قابل توجّه در واقعه مباهله، اثبات جانبدارى اسلام از منطق و صلح است. ماجرای مباهله، نشان مى دهد که دین اسلام، در برخورد با قدرت هاى مخالف خود، در گام نخست، تلاش مى کرد با بهره گیرى از گفتگو، مناظره و استفاده از دلیل و برهان، آنها را به حق دعوت نماید و در گام دوم، اگر معتقد به خدا بودند، آنها را به مباهله و داورى خداوند متعال فرا مى خواند، و اگر مباهله را هم نمى پذیرفتند، و شرایط اسلام را قبول مى کردند، پیمان نامه سیاسى امضا مى کرد. بنابراین، استفاده اسلام از قدرت در میدان جنگ، تنها براى شکستن سدهاى آگاهى و آزادى اندیشه بود.

مباهله، تاکید بر صلح آمیز بودن دین اسلام
یکی دیگر از پیام های مباهله، تاکید بر بُعد صلح امیز بودن آیین و دین مبین اسلام است؛ به این معنی که سالی که این اتفاق افتاد، سال دهم هجری است که پیامبر و حکومت مدینه در اوج اقتدار بوده و نیازی نداشته که مذاکره ای کنند آن هم با مسیحیان نجران که طایفه محدودی بودند و شخص پیامبر(ص) در حکومت اسلامی خود همه ابزار قدرت و فشار را داشتند، اما با این حال و در آن شرایط حضرت محمد مصطفی(ص) برای هدایت مردم، استدلال و منطق و سپس به امر خدای متعال، مباهله را مطرح می کنند و سراغ شیوه ها و ابزارهای دیگر نمی روند و جان و مال و موقعیت طرفین در آن حفظ شود.
اما در دنیای امروز با کمال بی انصافی، شاهد هستیم که چهره ملکوتی دین مبین اسلام و به دروغ، توسط داعش و القاعده، در دنیای غرب، متهم به خشونت و افراطی گری میشود، این بُعد از داستان آیه مباهله در قرآن، بسیار قابلیت مانور دارد تا دنیا بدانند که پیامبر رحمت(ص) برای هدایت همه مردم تا چه حد بزرگوارانه و کریمانه و با منطق و استدلال، برخورد کرده اند.
در واقع، اصل در سیاست خارجی با الهام از داستان و آیه مباهله وجود دارد و آن اینکه، پیروان دین اسلام و مسلمانان، تا جایی که می تواند با قدرت استدلال و منطق صلح آمیز، مخالفین را به اسلام دعوت نمایند و نیز این ظرفیت در داستان مباهله وجود دارد، در سطح جهانی، چهره واقعی اسلام را در برابر تبلیغات دروغین دنیای غرب، به نمایش گذارد؛ درست عکس آنچه اکنون و توسط داعش و رسانه های غربی از وارونه نشان دادن چهره اسلام، در حال انجام است، واقعه مباهله، صلح آمیز بودن سیره و رفتار پیامبر اسلام در برخورد با ادیان و مکاتب مختلف را به نمایش می گذارد.

اثبات حقّانیت اسلام در برابر مسیحیت
همچنین، واقعه مباهله، نشان داد که رهبران مسیحى نجران، مانند دیگر علماى مسیحى معاصر پیامبر، علائم پیامبر خاتم را در کتب آسمانى خود، خوانده بودند و آنها را کاملاً بر شخصِ ایشان، منطبق مى دانستند؛ امّا براى آن که موقعیت خود را در جامعه مسیحیت از دست ندهند، حق را کتمان مى کردند، چنان که قرآن تصریح مى فرماید:
الَّذِینَ ءَاتَیْنَاهُمُ الْکِتَابَ یَعْرِفُونَهُ کَمَا یَعْرِفُونَ أَبْنَاءَهُمْ وَ إِنَّ فَرِیقًا مِّنْهُمْ لَیَکْتُمُونَ الْحَقَّ وَ هُمْ یَعْلَمُونَ. (سوره بقره، آیه 146) کسانى که به آنان کتاب دادیم، او را مى شناسند، همچنان که فرزندان خود را مى شناسند ؛ لیکن گروهى از ایشان، حقیقت را پوشیده مى دارند، با آن که مى دانند.
بنابراین، جریان مباهله، نه تنها براى اثبات صداقت و حقّانیت پیامبر صلى الله علیه و آله در برابر مسیحیت نجران، از هر برهانى کارآیى بیشترى داشت، بلکه یکى از ادلّه حقّانیت اسلام در برابر مسیحیت در طول زمان و تا دامنه قیامت است.( مکارم شیرازی، پیام قرآن، ج ‏9، ص 237) 

اثبات حقانیت مذهب شیعه و برترى اهل بیت پیامبر
در واقعه مباهله، پیامبر براى بیان مصداق «أبنائنا» در آیه مباهله، حسن علیه السلام و حسین علیه السلام را، و براى روشن شدن مصداق «نسائنا»، فاطمه علیها السلام را ، و براى نشان دادن مصداق «أنفسنا»، امام على علیه السلام را، همراه خود براى مباهله برد. (زمخشری، تفسیر الکشّاف، ج 1، ص 368) این اقدام پیامبر، بیانگر برترى اهل بیت پیامبر بر سایر امّت اسلامى است، چنان که امامان معصوم در موارد متعدّدى، براى نشان دادن جایگاه الهى و قرآنى خود، به آیه مباهله احتجاج کرده اند.
مباهله، نشان میدهد و اثبات می کند که قوام و اساس دین اسلام به خاطر اهل بیت پیامبر و اصحاب کساء است وگرنه پیامبر می‌توانست شخصاً نفرین کند و اهل بیتش را با خودش نیاورد. بنابراین، آیه مباهله، مصداق حقیقی اهل‏ البیت در قرآن و تکمیل شان نزول آیه تطهیر، می باشد.

پاسخ امام رضا به شبهه مامون درباره آیه مباهله
از دیگر پیام های آیه مباهله، اثبات ولایت و امامت امام علی، می باشد. از جمله، روزى خلبفه عباسی، مأمون به امام رضا(ع) بیان می کند: بزرگ‌ترین فضیلت امیرمؤمنان على(ع) در قرآن کدام است؟
امام رضا(ع) جواب داد: فضیلتى که آیه مباهله بر آن حکایت دارد، زیرا خداوند متعال مى فرماید:
فَمَنْ حَاجَّکَ فیهِ مِنْ بَعْدِ ما جاءَکَ مِنَ الْعِلْمِ فَقُلْ تَعالَوْا نَدْعُ أَبْناءَنا وَأَبْناءَکُمْ وَنِساءَنا وَنِساءَکُمْ وَأَنْفُسَنا وَأَنْفُسَکُمْ ثُمَّ نَبْتَهِلْ فَنَجْعَلْ لَعْنَتَ اللّهِ عَلَى الْکاذِبینَ. در پى نزول این آیه رسول خدا(ص)، حسن، حسین، فاطمه و امیرالمؤمنین(ع) را فراخواند، آن‌ها به حکم خداوند متعال در جایگاه فرزندان، زنان و نفس ایشان قرار داشتند.
مشخص است که هیچ یک از بندگان خداى سبحان، برتر و شریف‌تر از رسول خدا(ص)، نیست، از همین رو کسى که به حکم آیه و مباهله، نفس رسول خدا(ص) است،  نیز احدى از او (امام علی) برتر نمی باشد.( مجلسی، بحارالانوار، ج 49، صفحه 189)

آیه مباهله، آیه ‌ای که تمام اوصاف امام اول شیعیان را بیان می‌کند
سوالی که مطرح است: چرا امام رضا (ع)، آیه مباهله را یکی از مهم‌ترین آیه ها درباره جایگاه و منزلت امام علی(ع) معرفی می‌کنند؟ توضیح این مطلب، نیاز به چند مقدمه دارد:
مقدمه اول: اینکه مصداق «أَنْفُسَنَا» امیرالمؤمنین(ع) است، زیرا، شیعه و اهل سنت، بالاتفاق، نقل کردند که در جریان مباهله، پنج نفر بیشتر نبودند، امام علی(ع)، حسنین(ع)، حضرت فاطمه (س) و پیامبر اکرم (ص)؛ پس هیچ اختلافی در این قضیه نیست که مصداق «أَنْفُسَنَا» امیرالمؤمنین(ع) است. مقدمه دوم: خداوند در این آیه از امیرالمؤمنین(ع) به عنوان جان و روح رسول خدا(ص) یاد می کند (انفسنا). مقدمه سوم: تمام کمالات و فضائل از آن روح، نفس و جان است و نه جسم، مثلاً علم، شجاعت، تقوا و اساساً تمام فضائل و کمالات متعلق به روح است.
بنابراین، وقتی این مقذات سه گانه را کنار هم قرار دهیم: مصداق «أَنْفُسَنَا»، امام علی است. و خدا از امیرالمؤمنین(ع) به جان پیامبر(ص) تعبیر کرده است. و از طرفی تمام فضائل برای روح است؛ نتیجه این می‌شود تمام فضائل و کمالاتی که برای پیامبر(ص) ثابت بوده است، عین آن فضائل و کمالات برای امیرالمؤمنین(ع) هم ثابت است، زیرا خداوند از امیرالمؤمنین(ع) به جان پیامبر(ص) تعبیر می‌کند و نتیجه این می‌شود که با همین کلمه «أَنْفُسَنَا» می‌توان ولایت امام علی(ع) را ثابت کرد، چون جان پیامبر(ص) است، پس همان گونه که پیامبر ولایت دارد، امام علی نیز، بر امت اسلام ولایت دارد. همچنین، اعلم بودن امام علی، ثابت می‌شود، چون پیامبر اعلم است و امیرالمؤمنین(ع) جان پیامبر یعنی همان روح و جان است، پس امیرالمؤمنین بعد از رسول خدا، اعلم است. مهمتر اینکه پیامبر(ص) بر مؤمنین ولایت دارند، خداوند در سوره احزاب می‌فرماید:‌ «النَّبِیُّ أَوْلَى بِالْمُؤْمِنِینَ مِنْ أَنفُسِهِمْ»، پس امیرالمؤمنین(ع) هم ولایت دارد، زیرا همان روح پیامبر(ص) است.

اثبات حقانیت اهل بیت از آیه مباهله
در آیه مباهله، سه کلمه کلیدی، وجود دارد: «انْفُسَنا»، «نسائَنا» و «ابْنائَنا»؛ بدون شک منظور از «ابنائَنا»، امام حسن و امام حسین علیهما السلام بوده است و در این هیچ اختلافى نیست، و «نِسائنا» بر کسى جز فاطمه زهرا علیها السلام تطبیق نمى‏شود؛ و امّا «انفسنا»، محل اتلاف بین شیعه و اهل سنت می باشد. لکن  انفسنا، به یقین اشاره به شخص پیامبر نیست. زیرا آیه مى‏گوید: نَدْعُ ... وَانْفُسَنا: «دعوت کنیم از نفوس خویش»، اگر منظور از انفسنا، پیامبر باشد، دعوت کردن انسان از خویشتن که مفهومى ندارد؛ بنابراین راهى باقى نمى‏ماند جز اینکه بگوئیم منظور تنها امام على است. (مکارم شیرازی، پیام قرآن، ج 9، ‏ص 238). 
بنابراین، آیه مباهله در کنار اقدام عملى پیامبر در معرّفى امام على علیه السلام به عنوان «نفس» خود، به روشنى نشان مى دهد که پس از پیامبر هیچ یک از صحابه، مانند على علیه السلام شایستگى خلافت بلافصل ایشان را ندارد. از این رو است که، امام رضا علیه السلام در جواب مأمون که پرسید: دلیل بر خلافت جدّتان [على بن ابى طالب] چیست؟ عبارتِ «انفسنا» در آیه مباهله، را بیان مى نماید. و می‌فرمایند: کلمه «أَنْفُسَنَا» یکی از بهترین دلایل، در شأن ولایت و امامت امیرالمؤمنین(ع) است.