از جمله کرامات حکیم میر فندرسکی آن است که گفته اند: هنگامی که وی به یکی از شهرهای هندوستان- در ایام سیاحت- رفت. اهالی ان شهر بت پرست بودند. میر روزی به پرستش گاه آن شهر وارد شده ، و از عبادت خانه آن ها بازدید کرد .
با براهنه به گفت وگو پرداخت و آنها را از بت پرستی بازشان داشت و به اسلام فراخواند. انواع دلایل و براهین از دو سو بیان گشت.
عبادت خانه، بسیار قدیمی و محکم بود ، و حضرات کفار به این اندیشه افتادند که در موقعیت بدست آمده ، تطئه ای در مذهب میر کنند. از همین رو به میر فندرسکی گفتند: از جمله دلایلی که دلالت بر حقیقت دین ما ، و سستی دین تو وهم کیشان تو دارد آن است که چنان چه در شهرهای شما دیده ایم ، مسجد های شما بزودی خراب میشود ، و پس از صد سال که از بنای آن می گذرد ، اثری از آن نمی ماند؛ ولی عبادت خانه های ما از زمان ساخت تا اکنون که دو یا سه هزار سال از بنای آن می گذرد ، برجا مانده ، تغییری در آن رخ نداده ، وسال ها است که بدین محکمی باقی مانده است و همین دلالت بر بطلان مذهب تو دارد ؛ چرا که حقیقت ، ماندنی ، و باطل ، در معرض زوال است.
میر در پاسخ گفت: دلیل بر انهدام زود هنگام مسجد های ما آن اعمال و ذکرهایی که مورد پذیرش حضرت باریتعالی هستند، عمارت های این دنیا توان تحمل چنین عبادت هایی را نداشته ، و خراب می شوند؛ اما در معبدهای شما اذکار واورادی خوانده میشود که پسندیده درگاه خداوند نیست، و اعمال شما به نزد او مقبول نمی افتد پس در این صورت ، اگر اذکاری که ما در مساجد خودمان می گوییم را در یکی از این معابدی که چنین از آنها تعریف می کنید ، بگوییم ، آن مکان ، در برابر ن همه خضوع و خشوع ، و از هیبت نام حق تعالی فرو خواهد ریخت، و هر آینه خراب خواهد شد.
آنان استدلال میر را دور از ذهن دانسته و گفتند: تو از اهل اسلامی و اکنون در این جا حاضر هستی ، پس آن ذکرها را در این جا بگو ، و به هر صورت که خواهی ، هر آن چه می دانی را انجام ده. آن گاه اگر خللی به این ساختمان وارد آمد که در می یابیمدر ادعایت راست گفته ای ، و اگر نه ، باید گفتار ما را بپذیری ، به مذهب ما در آیی ، و خدایان ما را بخوانی.
میرفندرسکی ادامه دیدار را به فردا انداخت و خود شب را به راز و نیاز پرداخت. فردای آن روز به سوی پرستش گاه به راه افتاد. زنان و مردان گردهم آمده بودند و غوغایی برپا بود. میر به پرستش گاه وارد و به بالای بام رفت. با صدای بلند اذان گفت. با اذان او همه ارکان برج و باروی پرستش گاه به تکان در آمد. پس از اذان، تبه زیر آمد و وارد پرستش گاه شد. درمیان بت ها رو به قبله حقیقی با فروتنی نماز ظهر و عصر به پاداشت. سجده شکر به جا آورد. از پرستش گاه بیرون آمد، هنوز چندگامی از آن دور نشده بود که آنجا فرو ریخت و بعد هم طوفانی به پاخاست و خاک آن را با خود برد. دیگر در آن شهر اثری از پرستش گاه برجا نماند. پس از این واقعه، تمامی اهالی به اسلام گرویدند و از خوبان و نیکان گشتند.
پس از درگذشت وی برخی از مرتاضان هند به باور آن که بدن او کیمیا بوده است به اصفهان آمدند تا نبش گور کنند و بدن او را درآورده به هند ببرند. سرپرست گورستان میر، شبانگاهان او را در خواب می بیند و درباره انگیزه هندوان، او را آگاه می کند. چون سپیده دم زد سرپرست گورستان، بزرگان را خبر می کند و راز خواب و انگیزه مرتضان را به آنها بازمی گوید. با کوشش تمام و همکاری بزرگان، مقدار معینی از پیرامون گور را از پهنا و درازا و ژرفا کنده و توی آن را قیراندود کردند و سدی چون سد سکندر از قیر ساختند و این خبر به گوش همگان رسید.
