در روز 24 تیرماه 1318 برابر با 28 صفر 1358 قمری در مشهد مقدس پسری چشم به جهان گشود. سید علی دومین پسر خانواده بود.  پدرش حجت الاسلام والمسلمین سید جواد خامنه ای (ره) مانند بیشتر روحانیون و مدرسان علوم دینی، زندگی بسیار ساده ای داشت. همسر و فرزندانش نیز معنای عمیق قناعت و ساده زیستی را از او آموخته بودند. رهبر بزرگوار در ضمن بیان نخستین خاطره های زندگی خود از وضع و حال زندگی خانواده شان چنین می گویند:

«پدرم روحانی معروفی بود، اما