در شهریور ۱۳۲۰ که متفقین در ایران به طور انبوه حضور یافتند. در آن موقع موجی از قحطی و نابسامانی در کشور به راه افتاد. قسمتی از سپاه متفقین در منطقه خاکفرج قم استقرار یافت و بعد از مدتی کنترل شهر در دست آنان قرار گرفت. اشغال هنوز ادامه داشت که زمین‌های مساعد و وسیع شهر قم – که به صورت دیم کشت می‌شد – با گذشت دو ماه بهاری از سال ۱۳۲۳ هنوز تشنه بودند. با بروز این خشکسالی موقعیت غذایی مردم بحرانی شد.
 اهالی قم، چاره در خواندن نماز باران دیدند. آنان به جستجوی امامی برآمدند تا آنها را به ساحل اجابت رساند و با خلوص و صفایش خواست مردم را معنی بخشد. مردم راهی خانه‌های آقایان صدر، حجت و خوانساری شدند. آقایان صدر و حجت در پاسخ مردم گفتند اگر شما وظیفه‌های شرعی خود را به جا آورید، آسمان و زمین دستهایشان بر شما گشوده خواهد بود. اما آقای خوانساری نتوانست جواب نه بگوید و مردم هم گمان بردند او موافق با خواندن نماز باران است. به همین علت اطلاعیه‌هایی در سطح شهر نصب گردید که آقای خوانساری در روز جمعه نماز استسقاء خواهد خواند. گروهی ایشان را از پایان بد کار بیم دادند. اما او گفت حالا که چنین شده، خواندن این نماز بر من تکلیفی است و هر چه صلاح باشد همان واقع خواهد شد. با نزدیک شدن لحظه موعود بهائیان شهر، متفقین را به انگیزه‌های این حرکت بدبین نمودند تا جایی که این نیروها در پوششی دفاعی رفتند.

در روز موعود، جمعیت از گوشه و کنار شهر روانه شدند تا به صحرای خاکفرج که در نیم کیلومتری شهر قرار داشت و مصلای آن محسوب می‌شد بروند. آیت‌الله خوانساری هم با طمأنینه و آرامش مخصوص و در حالی که پاها را برهنه کرده و تحت الحنک انداخته بود با عده‌ای از همراهان به سمت آن نقطه حرکت نمودند. جمعیت افزون بر بیست هزار نفر بود و اکثر ساکنان شهر را در بر می‌گرفت. با عبور آرام مردم از کنار پادگان، شائبه‌های تردید زدوده شد و توطئه‌ بهائیان بی‌‌اثر ماند. آن روز نماز خوانده شد اما اثری از اجابت دیده نشد.

 آیت‌الله خوانساری که بارها عطوفت و مهربانی پایان ناپذیر خدا را با همه وجود خود درک کرده بود به خوبی می‌دانست که خواستن را با اصرار معنا بخشد. چه آن که اگر خواهش باشد اجابت حتمی است. او بعد از پایان درس و بحث از شاگردانش خواست که تا همپای او باز به کوی خواهش روند و نماز بارانی دیگر بخوانند. این بار نماز در باغ‌های پشت قبرستان نو به پا گشت. غروب یکشنبه فرا رسید و آسمان بی‌تکه ابری سرخ گونگی خورشید را به نظاره نشست. گزارش هواشناسان غربی که در پادگان خاکفرج بودند گویای این بود که بارشی روی نخواهد داد. دین ناباوران زبان تمسخر گشودند.
 استاد رسولی در خاطره خود می‌گوید: «آن روز گذشت و ما مطابق معمول به نماز جماعت آیت‌الله خوانساری در مدرسه فیضیه رفتیم. اکنون یادم نیست که به چه مناسبتی شبها در مدرسه فیضیه بعد از نماز جلسه روضه‌خوانی و سخنرانی بود. مرحوم حاج محمد تقی اشرافی به منبر رفت و هنوز اوایل سخنرانی ایشان بود که باران شروع شد …. آن شب باران مفصلی آمد.»