جناب شیخ جعفر مجتهدی در اول بهمن ماه 1303 هـ.ش در خانواده‌ای متدین و مرفه در شهر تبریز دیده به جهان گشودند. خانواده‌ای که از نظر نجابت و اصالت جزء خانواده‌های مشهور آن سامان به شمار می‌آمد. پدر ایشان جناب حاج میرزا یوسف از دلباختگان آستان ولایتمدار قبله العشاق ، حضرت سیدالشهداء (علیه‌السلام) بودند، ایشان بعد از فقدان پدرشان جناب حاج میرزا یوسف، تحت کفالت و سرپرستی مادر بزرگوارشان، آن بانوی علویه قرار گرفتند.

زندگی و سلوک عارف بالله جناب شیخ جعفر مجتهدی بگونه ای خاص از دیگران متمایز است ، ایشان در توسل به ائمه معصومین بسیار استثنایی و ممتاز بوده و در تمام مراحل زندگی شگفت خویش همواره منادی یک پیام اصولی بودند :
« توسل و محبت خالصانه و هر چه بیشتر به اهل بیت »

مرحوم حاج شیخ جعفر آقای مجتهدی درباره ی حضرت امام خمینی رحمت الله علیه فرمودند :

ایشان فرموده بودند : دست امام خمینی در توحید به نقطه ای رسیده است که دست احدی از اولیاءالله به آن نرسیده است