پس از انقلاب ایران، تشکیلات مخفی نظامی حزب توده ایران در نیروهای مسلح به سازمان نظامی معروف بود که ۱۱۴ نفر (نظامیان و مسئولین غیر نظامی) در آن عضویت داشتند. این تشکیلات نظامی به تدریج از اواسط ۱۳۵۸ سازماندهی شد و مهدی پرتوی از سوی نورالدین کیانوری دبیر اول حزب در رأس آن قرار گرفت. او با چهار نفر از افسران ارشد به نام‌های ناخدا افضلی، سرهنگ کبیری، سرهنگ عطاریان و سرهنگ شمس ارتباط انفرادی داشت و با سایر نظامیان از طریق شاهرخ جهانگیری و امیر معزز (مسئولین دو سر شاخه) مرتبط می‌شد. این دو نفر از مسئولین سر شاخه به تنهایی با ۵۰ و ۵۵ نفر نظامیان به طور مستقیم و یا از طریق ۸ نفر مسئول شاخه در ارتباط بودند. کلیه اطلاعات و مشخصات افرادِ تشکیلات با نام‌های مستعار و هدایت آن با مهدی پرتوی بوده‌است.

علی رغم حمایت حزب توده از انقلاب ایران در مقاطعی حساس از جمله در کودتای نوژه و جنگ ایران و عراق، اواخر سال ۱۳۶۱ و سال ۱۳۶۲، بسیاری از رهبران، اعضا و هواداران حزب به بهانه طرح کودتا دستگیر شدند. در اواخر سال ۱۳۶۲، ۱۰۱ تن از نظامیان در یک دادگاه ویژه نظامی در محلی نامعلوم که قاضی آن محمد ری‌شهری بود حضور یافتند. در میان متهمان چند فرد شاخص وجود داشت: دریادار بهرام افضلی فرمانده نیروی دریایی ایران، سرهنگ هوشنگ عطاریان فرمانده جبهه غرب و دیرتر دستیار ویژه وزارت دفاع، سرهنگ بیژن کبیری فرمانده یگان‌های کماندویی ویژه (کلاه سبزها) و فرمانده عملیات جنوب و شکستن محاصره آبادان در جنگ ایران و عراق، سرهنگ حسن آذرفر استاد دانشکده افسری، سرهنگ رحیم شمس، سرهنگ سیف‌الله غیاثوند و سرهنگ ابوالقاسم افرایی. با وجود تدارکات بسیار، پیشبرد محاکمه به خوبی برنامه‌های پیشین نبود و برخی متهمان اعترافات امضا شده خود را پس گرفته و دیگران نیز آنرا بسیار تعدیل کرده بودند. برخی حتی توانستند خبر بازداشت همسر و یا فرزندانشان را در لابلای جریان دادگاه به گوش عموم برسانند. افضلی اتهام جاسوسی را رد کرد، وی که همچون دیگر متهمان وکیل نداشت، از قاضی خواست تا وظیفه دفاع از او را به این دلیل که خود اشرافی بر مقولات حقوقی ندارد، به عهده بگیرد.^[۴]

دادگاه، احکام نابرابری صادر کرد چنانکه، ۱۰ نفر به مرگ، ۶ تن به حبس ابد، ۱۲ نفر به حبسهای پانزده تا سی سال، ۱۹ نفر به زندان‌های هشت تا چهارده سال، ۸ تن تا هفت سال، ۳۰ تن تا پنج سال و ۱۳ تن تا کمتر از پنج سال محکوم شدند. گروهی از محکومین از جمله شاخه نظامی حزب مانند دریادار افضلی، سرهنگ عطاریان، سرهنگ کبیری و سرهنگ آذرفر، در بهمن ۱۳۶۳ اعدام شدند و ۱۹ تن، شامل دو نفر که دوران محکومیتشان به سر آمده بود، به همراه دیگر اعدامیان جمعی کشتار سال ۱۳۶۷، اعدام شدند. عباس حجری، منوچهر بهزادی، محمدعلی رصدی، محمد پورهرمزان، مهدی کیهان، انوشیروان ابراهیمی، فرج‌الله میزانی، آصف رزم‌دیده و حسین جودت از این گروه بودند.^[۵][۶]

در سال ۱۳۶۸ و پس از پایان اعدامهای دسته جمعی سال قبل، حکومت به مسئول کمیسیون ویژه وقت سازمان ملل متحد «گالیندو پُل» (Galindo Pohl) اجازه داد تا از زندان اوین دیدن کند.^[۷] در این دیدار، کیانوری از سلولش، در مورد چگونگی شکنجه خود و همسرش مریم فیروز برای اخذ اعترافات نادرست و فرمایشی، با گالیندوپل سخن به میان آورده و بازوی شکسته خود را برای اثبات آن به او نشان داد. پُل در گزارش خود همچنین درباره مریم فیروز نوشت که به دلیل مورد ضرب و شتم قرار گرفتن در چند سال پیش، در شنیدن، خوردن غذا و نشستن مشکل داشته‌است.^[۸]

هاشمی رفسنجانی از چهره‌های سرشناس حکومت در ان هنگام ، بعدها در مصاحبه‌ای با روزنامه همشهری عنوان نمود که برخورد با حزب توده و اعدام اعضای حزب توده بهتر بود که انجام نمی‌شد. وی در این مصاحبه می‌گوید: «اگر آن کار را (اعدام اعضای حزب توده) نمی‌کردیم، بهتر بود. ما حزب توده را زیر نظر داشتیم. من برای این حرف که آنها به فکر کودتا بودند، دلیلی پیدا نکردم.

رئیس دفتر تیمسار فضل‌الله زاهدی که از اعضای سازمان نظامی مخفی حزب توده بود، برنامه کودتا را سه روز قبل از روز کودتا به حزب توده ایران اطلاع داده بود.

پس از کودتا، اداره اطلاعات شهربانی به شدت به دنبال اعضای مخفی سازمان افسران بود. در تاریخ ۲۱ مرداد ۱۳۳۳ پلیس به طور اتفاقی ستوان ابوالحسن عباسی، یکی از همکاران خسرو روزبه، رئیس «دفتر اطلاعات حزب توده» را دستگیر کرد. او سه دفترچه پر از فرمول‌های ریاضی با خود داشت. کمی بعد معلوم شد که این یادداشت‌ها حاوی رمزی‌ست که نام همه اعضای سازمان مخفی افسران را در خود دارد.^[۲]

از میان بیش از ۶۰۰ افسر دستگیر شده، ۳۶ نفر از جمله خسرو روزبه اعدام شدند.

نقطه اوج فعالیت افسران در سال ۱۳۲۴ قیام افسران خراسان بود. افسران توده‌ای و از جمله اسکندانی و سرهنگ آذر که چندان امیدی به پیروزی سیاسی حزب توده برای گرفتن قدرت نداشتند به این نتیجه رسیدند که «حزب توده یک حزب انقلابی است، باید انقلابی عمل کنیم و حزب را به دنبال خود بکشیم.» نظامیان معتقد به این بودند که همزمان با تخلیه ایران به وسیله قوای بیگانه، مردم آمادگی قیام دارند. درباره اطلاع حزب توده از این قیام گزارشهای ضد و نقیضی بیان شده‌است، اما استراتژی کلی حزب با این جریان چندان همخوانی و موافقت نداشت.

شب ۲۴ مرداد ۱۳۲۴ قیام افسران لشکر ۸ خراسان آغاز شد و به شکست انجامید. این قیام و سرکوب آن مشکلی برای حزب پیش آورد: با انتساب این قیام به افسران حزب توده، حزب تحت فشار قرار گرفت و بسیاری از فعالیتهای آنان متوقف گردید.

قیام افسران خراسان، سازمان نظامی حزب را نیز در وضعیت دشواری قرار داد. قیام آنها، هیئت حاکمه و ستاد ارتش به ریاست سرلشکر ارفع را متوجه نفوذ حزب توده در میان افسران ساخت. همین امر منجر به دستگیری چهل تن از افسران شاخه نظامی حزب شد و تعداد افسران باقی مانده به حدود بیست نفر رسید.

پس از اعلام تشکیل فرقه دمکرات آذربایجان در شهریور ۱۳۲۴ افسران باقی مانده از قیام خراسان و تعدادی دیگر از افسران سازمان نظامی برای آموزش نظامیان به این فرقه پیوستند و این امر باز منجر به تحریک ارتش و رکن دوم و شدت عمل مقابل سازمان افسران و خود حزب گردید. پس از فروپاشی حکومت ملی آذربایجان در سال ۱۳۲۵، رژیم بسیاری از افسران دستگیرشده را اعدام کرد در حالی که تعدادی نیز همراه با سایر نیروهای فرقه دمکرات آذربایجان به شوروی پناهنده شدند. این ضربه‌ای مهلک بر پیکره حزب توده و سازمان افسران آن بود.

به دنبال قیام افسران خراسان و واقعه آذربایجان، تلفات افسران حزبی در وقایع سالهای ۲۵- ۱۳۲۴ چنان سنگین بود که در عمل سازمان افسران را متلاشی کرد. و عده‌ای که جان سالم به در بردند به شوروی پناه بردند، اما وجود سرهنگ سیامک، خسرو روزبه و سرهنگ مبشری در امان ماندنشان از موج بگیر و ببندهایی که پس از قیام افسران خراسان، شکست آذربایجان و سرانجام حادثه ۱۵ بهمن ۱۳۲۷، در ارتش و سایر ارگانهای دولتی رواج یافته بود، هسته اولیه دیگری را برای شکل‌گیری سازمان نظامیان به صورتی کاملاً پنهانی و این بار زیر نظارت مستقیم و محدود رهبری حزب توده ایران سامان داده بود.

حزب توده ایران نیز که میراث‌دار شکست فرقه دمکرات آذربایجان شده بود و نیروهای آن از هر طرف دچار تشتت و ریزش شده بودند با پیشنهاد خلیل ملکی سازمان افسران را منحل اعلام کرد. تعدادی از افسران و از جمله سروان خسرو روزبه به این امر اعتراض داشتند و مستقلاً «سازمان افسران آزادیخواه ایران» را تشکیل دادند.

این گروه عملگرایی را پیشه خود ساختند. با به بن‌بست رسیدن فعالیت این گروه بحث الحاق مجدد آن با حزب توده مطرح شد که پس از برگزاری کنگره دوم حزب توده ایران و تغییر کادر رهبری آن این امر در سال ۱۳۲۷ امکان‌پذیر شد. از سال ۱۳۲۹ به بعد هیئت اجرائیه سازمان نظامی را حزب انتخاب می‌کرد و این پیوند تا کودتا ادامه داشت. هیئت اجرائیه سازمان نظامی دارای پنج شعبه بود:

۱. شعبه تشکیلات ۲. شعبه تبلیغات ۳. شعبه تعلیمات ۴. شعبه مالی ۵. شعبه اطلاعات

فعالیت سازمان گسترش یافت و تعداد زیادی از افسران جوان مجدداً به حزب پیوستند. شاهکار سازمان در سال ۱۳۲۹ بود و آن فراری دادن رهبران زندانی حزب توده و خسرو روزبه از زندان قصر تهران است.

سازمان نظامی حزب توده در سال ۱۳۲۳ توسط عبدالصمد کامبخش، عزت‌الله سیامک و خسرو روزبه تأسیس شد و سپس سروان خسرو روزبه به عنوان مسئول هیئت اجرائیه سازمان افسران انتخاب شد.

سازمان افسران، یک هیئت دبیران و یک هیئت اجرائیه داشت که هیئت دبیران دارای ۳ عضو بوده که در زمان دستگیری اعضای سازمان (۱۳۳۳) عبارت بوده‌اند از: ۱. خسرو روزبه به نام مستعار سعیدی، ۲. سرهنگ عزت‌الله سیامک، ۳. سرهنگ محمدعلی مبشری، که از میان اعضا، سروان خسرو روزبه مسئولیت شاخه اطلاعات حزب را عهده‌دار بود.

روزبه تا سال ۱۳۲۴ در دانشکده افسری اشتغال داشت. در پی قیام افسران خراسان مدتی مخفی شد. حاصل این دوران نگارش کتاب اطاعت کورکورانه بود که علیه نظام حاکم بر ارتش پهلوی با نام مستعار «ستخر»؛ (سروان خسرو روزبه) منتشر شد.

• اولین دبیراول حزب توده ایران سلیمان میرزا اسکندری از رهبران با سابقه اجتماعیون عامیون خود از بنیانگذاران حزب بود.
• دومین دبیراول حزب توده ایران رضا رادمنش (۱۳۲۶ - ۱۳۴۷) استاد فیزیک اتمی بود. در جریان تیراندازی به شاه در ۱۵ بهمن ۱۳۲۷ و یورش به حزب توده ایران، همراه با بخشی از رهبری حزب که تحت تعقیب امنیتی قرار گرفته بود از کشور خارج شد و در مسکو استقرار یافتند.
• سومین دبیراول حزب توده ایران دکتر محمد بهرامی بود که از ۱۳۲۷ -۱۳۳۲، تا کودتای ۲۸ مرداد ۱۳۳۲ این مسئولیت را داشت. دکتر بهرامی نیز در فاصله بسیار کوتاهی پس از بیرون آمدن از زندان دچار ایست قلبی شد و درگذشت.
• پس از کودتای ۲۸ مرداد و دستگیری‌ها و اعدام‌ها، رهبری حزب بازسازی خود را در خارج از کشور آغاز کرد.
• جهارمین دبیراول حزب توده ایران ایرج اسکندری (۱۳۴۷ - ۱۳۵۷) بود که تا آستانه انقلاب ۵۷ بر سر این مسئولیت بود.
• پنجمین دبیراول حزب توده ایران دکتر نورالدین کیانوری (۱۳۵۷ - ۱۳۶۲) بود.
• ششمین دبیراول حزب توده ایران علی خاوری بود. پس از یورش (۱۳۶۱ - ۱۳۶۲) به حزب توده ایران، همراه با بخشی از رهبری حزب که تحت تعقیب امنیتی قرار گرفته بود علی خاوری بازسازی رهبری حزب را سازمان داد. علی خاوری در پلنوم هجدهم کمیته مرکزی حزب توده ایران بعنوان دبیراول (۱۳۶۲ - ۱۳۸۷) انتخاب شد. وی در حال حاضر صدر حزب توده ایران است.
• هفتمین دبیراول حزب توده ایران دکتر محمد امیدوار است.

ششمین کنگره حزب توده ایران بعد از سرکوب سنگین در سال‌های دهه ۱۳۶۰ حزب از فعالیت سیاسی علنی و قانونی در ایران بازماند. بخشی از رهبران و کادرها و اعضای حزب در خارج از کشور و به طور مشخص در اروپا مستقر شدند و فعالیت حزب را پیگیری کردند. علی خاوری پس از دستگیریهای گسترده دهه ۱۳۶۰ تنها عضو باقی‌مانده از هیأت سیاسی و هیأت دبیران وقت کمیته مرکزی حزب بود. در پلنوم هجدهم کمیته مرکزی حزب توده ایران در آذر ماه ۱۳۶۲، در (براتیسلاوا) علی خاوری بعنوان دبیراول حزب انتخاب شد.^[۵۰]

با تلاش خاوری و با حمایت حزب دموکراتیک خلق افغانستان، همه رهبران و کادر باقی‌مانده حزب توده ایران در سال ۱۳۶۴ در کابل جمع شدند و در کنفرانس ملی حزب توده ایران شرکت کردند و بعد از ضربات سنگین سالهای ۱۳۶۱ - ۱۳۶۲ برای اولین بار زیر یک سقف نشستند. کنفرانس ۱۰ نفر را به عنوان هیات سیاسی حزب توده ایران برگزید. از کنفرانس ملی سال ۱۳۶۴ به بعد تقریباً هر ۶ سال یک بار، کنگره ادواری حزب برگزار شده‌است:

• کنفرانس ملی حزب توده ایران در سال ۱۳۶۴
• کنگره سوم حزب توده ایران، در سال ۱۳۷۰
• کنگره چهارم حزب توده ایران، در سال ۱۳۷۶
• کنگره پنجم حزب توده ایران، در سال ۱۳۸۲
• پلنوم وسیع کمیته مرکزی در سال ۱۳۸۷
• کنگره ششم حزب توده ایران، در سال ۱۳۹۱

در حال حاضر نیز حزب تودهٔ ایران به فعالیت ادامه می‌دهد و نشریهٔ «نامهٔ مردم» ناشر نظرات حزب است. صدر حزب علی خاوری است.

علی رغم حمایت حزب توده از انقلاب ایران در مقاطعی حساس از جمله در کودتای نوژه و جنگ ایران و عراق، اواخر سال ۱۳۶۱ و سال ۱۳۶۲، بسیاری از رهبران، اعضا و هواداران حزب به بهانه طرح کودتا دستگیر شدند. چند ماه بعد در اعترافات تلویزیونی ضبط شده در زندان که دستگاه‌های اطلاعاتی جمهوری اسلامی ترتیب داده بود و از تلویزیون ایران پخش شد، عده‌ای از رهبران زیر فشار شکنجه در تلویزیون اعترافاتی کردند (از جمله اعتراف به جاسوسی برای شوروی) اولین برنامه از این سری برنامه‌ها در اردیبهشت ماه ۱۳۶۲ و با حضور کیانوری و همچنین به‌آذین برگزار شد.^[۳۹] کیانوری، تکیده و درهم شکسته، اظهار داشت که حزب توده از آغاز تأسیس در ۱۳۲۰ تابه حال، ابزاری برای جاسوسی و خیانت بوده‌است.^[۴۰]. هشت عضو دیگر کمیته مرکزی از جمله محمدعلی عمویی زندانی سیاسی مشهور که ۲۴ سال را در زندان حکومت پهلوی گذرانده بود، نیز در برنامه‌های بعدی بر پرده تلویزیون ظاهر شدند و به نفی خود و اعترافاتی مشابه پرداختند.^[۴۱] در میانه بازجویی‌ها تقی کی‌منش و ۱۳ تن دیگر از اعضای حزب درگذشتند و از اینرو در میزگردهای تلویزیونی دیده نشدند.^[۴۲]

در اواخر سال ۱۳۶۲، ۱۰۱ تن از متهمان در یک دادگاه ویژه نظامی در محلی نامعلوم که قاضی آن محمد ری‌شهری بود حضور یافتند. در میان متهمان چند فرد شاخص وجود داشت: دریادار بهرام افضلی فرمانده فاتح نیروی دریایی ایران، سرهنگ هوشنگ عطاریان فرمانده فاتح جبهه غرب و دیرتر دستیار ویژه وزارت دفاع، سرهنگ بیژن کبیری فرمانده یگان‌های کماندویی ویژه (کلاه سبزها) و فرمانده فاتح عملیات جنوب و شکستن محاصره آبادان در جنگ ایران و عراق، سرهنگ حسن آذرفر استاد دانشکده افسری، سرهنگ رحیم شمس، سرهنگ سیف‌الله غیاثوند و سرهنگ ابوالقاسم افرایی. با وجود تدارکات بسیار، پیشبرد محاکمه به خوبی برنامه‌های ندامت علنی پیشین نبود و برخی متهمان اعترافات امضا شده خود را پس گرفته و دیگران نیز آنرا بسیار تعدیل کرده بودند. برخی حتی توانستند خبر بازداشت همسر و یا فرزندانشان را در لابلای جریان دادگاه به گوش عموم برسانند. افضلی اتهام جاسوسی را رد کرد و گفت که پس از دستگیری از وجود چنین فعالیتهایی خبردار شده‌است. وی که همچون دیگر متهمان وکیل نداشت، از قاضی خواست تا وظیفه دفاع از او را به این دلیل که خود اشرافی بر مقولات حقوقی ندارد، به عهده بگیرد.^[۴۳]

دادگاه، احکام نابرابری صادر کرد چنانکه، ۱۰ نفر به مرگ، ۶ تن به حبس ابد، ۱۲ نفر به حبسهای پانزده تا سی سال، ۱۹ نفر به زندان‌های هشت تا چهارده سال، ۸ تن تا هفت سال، ۳۰ تن تا پنج سال و ۱۳ تن تا کمتر از پنج سال محکوم شدند. گروهی از محکومین از جمله شاخه نظامی حزب مانند دریادار افضلی، سرهنگ عطاریان، کبیری و آذرفر، در بهمن ۱۳۶۳ اعدام شدند و ۱۹ تن، شامل دو نفر که دوران محکومیتشان به سر آمده بود، به همراه دیگر اعدامیان جمعی کشتار سال ۱۳۶۷، اعدام شدند. عباس حجری، منوچهر بهزادی، محمدعلی رصدی، محمد پورهرمزان، مهدی کیهان، انوشیروان ابراهیمی، فرج‌الله میزانی، آصف رزم‌دیده و حسین جودت از این گروه بودند.^[۴۴][۴۵] کیانوری و عمویی برای یک دهه در حبس ماندند و پس از رهایی از زندان خاطرات خود را بدون ذکر تجربه آخر (زندان جمهوری اسلامی) به رشته تحریر درآوردند. خاطرات کیانوری، با نظارت حکومت بر محتوای آن به چاپ رسید. افراد دیگر چون شلتوکی و آوانسیان در زندان درگذشتند. مهدی پرتوی مورد عفو قرار گرفت، احسان طبری نیز که اعترافات نمایشی مبنی بر نفی مارکسیسم و مسلمان شدن وی از تلویزیون پخش شده بود، پس از گذران چندین سال به دور از خانواده خود و در انزوای کامل در زندان، در سال ۱۳۶۸ درگذشت. اما مطبوعات دولتی تا پیش از مرگ وی، این شبهه را در خوانندگان ایجاد کردند که او در حال به سر بردن در خانه خود و ترتیب دادن مصاحبه‌های مطبوعاتی است.^[۴۶]

در سال ۱۳۶۸ و پس از پایان اعدامهای دسته جمعی سال قبل، حکومت به مسئول کمیسیون ویژه وقت سازمان ملل متحد «گالیندو پُل» (Galindo Pohl) اجازه داد تا از زندان اوین دیدن کند.^[۴۷] در این دیدار، کیانوری از سلولش، در مورد چگونگی شکنجه خود و همسرش مریم فیروز برای اخذ اعترافات نادرست و فرمایشی، با گالیندوپل سخن به میان آورده و بازوی شکسته خود را برای اثبات آن به او نشان داد. پُل در گزارش خود همچنین درباره مریم فیروز نوشت که به دلیل مورد ضرب و شتم قرار گرفتن در چند سال پیش، در شنیدن، خوردن غذا و نشستن مشکل داشته‌است.^[۴۸]

هاشمی رفسنجانی از چهره‌های سرشناس حکومت در هنگام سرکوبی، بعدها در مصاحبه‌ای با روزنامه همشهری عنوان نمود که برخورد با حزب توده و اعدام اعضای حزب توده بهتر بود که انجام نمی‌شد. وی در این مصاحبه می‌گوید: «اگر آن کار را نمی‌کردیم، بهتر بود. ما حزب توده را زیر نظر داشتیم. من برای این حرف که آنها به فکر کودتا بودند، دلیلی پیدا نکردم.

سیاست حزب توده ایران در جهت حمایت از انقلاب ایران و ائتلاف با نیروهای ملی و مذهبی علیه نظام سلطنتی بود. حزب توده شعارهای ضدآمریکایی روح‌الله خمینی و طرفدارانش را وجه مشترک مهمی میان حزب توده و طرفداران خمینی می‌دانست.

صلاحیت رهبران حزب توده ایران مانند کیانوری و محمد علی عمویی و تعدادی دیگر برای انتخابات مجلس اول تأیید شد و این در حالی بود که ایدئولوژی حزب توده از سوی حکومت جدید به کفر تعبیر می‌شد.

علی اکبر هاشمی رفسنجانی در خاطرات خود چندین بار به ملاقات با کیانوری و محمد علی عمویی در منزل شخصی خود اشاره می‌کند^[۳۲]

حزب توده تلاش گسترده‌ای را برای تجهیز نیرو در جامعه آغاز کرد و با موفقیت رو به رو شد. حزب توده که فعالیت خود در جامعه را پس از ۲۵ سال سرکوب رژیم شاه آغاز می‌کرد، با وجود شمار کم کادرها توانست هزاران نفر را در صفوف خود منسجم کند. انتشار ده‌ها نشریه و انبوهی از کتب، فضای جامعه را دگرگون کرد و تاثیرات مهمی را بر جای گذاشت و نسل نوینی را تربیت کرد.

جا افتادن شعارهایی همچون اجرای اصلاحات ارضی، ملی کردن تجارت خارجی، و همچنین بسیاری از دیگر شعارها، ثمره کار معنوی حزب توده در آعاز انقلاب است.

حزب توده در عرصه سازمان دهی کارگران توانست فعالیت‌های چشمگیری را انجام دهد. ایجاد سندیکاها و اتحادیه‌های کارگری و آشنایی کارگران با حقوقشان تا آنجا جلو رفت که در دهه ۱۳۶۰، با وجود تلاش‌های وزیر کار وقت، احمد توکلی و حمایت خمینی، رژیم نتوانست قانون کار خود را به کارگران تحمیل کند.

مبارزه کارگران حتی پس از یورش رژیم به حزب توده و دستگیری شماری از رهبران جنبش کارگری ادامه یافت و با پس گرفتن قانون کار و بیرون انداختن توکلی از وزارت کار به سر انجام رسید.

خامنه‌ای می‌گوید:

«در یک برهه از زمان و در همان اوایل انقلاب همه چیز در تیول حزب توده بود... چنین حالتی را من و هر کسی در اوایل انقلاب حس می‌کرد که توده‌ای‌ها و جریان چپ، به خصوص حزب توده بر همه چیز مسلط بودند و اصلاً حرکت انقلاب را می‌خواستند منحرف کنند...»^[۳۳].^{[نیازمند منبع]}

حزب توده، در سالهای پس از انقلاب، تلاش همه‌جانبه‌ای را برای اتحاد نیروهای سیاسی و ایجاد جبهه متحد خلق سازماندهی کرد. حزب توده معتقد بود که می‌توان با شرکت خمینی و هوادارانش و همچنین سازمان چریک‌های فدایی خلق ایران و سازمان مجاهدین خلق ایران و حزب دموکرات کردستان جبهه واحد خلق را برای تعمیق دستاوردهای انقلاب پایه ریزی کرد که این امر محقق نشد.^{[نیازمند منبع]}

«تاکید بیش از حد حزب توده ایران بر سیاست اتحاد با طرفداران خمینی، در برخی موارد، به ایجاد تنش و دشواری در روابط با احزاب و سازمانهای دیگر منجر شد که از جمله می‌توان از رابطه با حزب دمکرات کردستان نام برد. با یورش نیروهای حاکمیت جدید به کردستان و آغاز درگیری‌های نظامی، خطرات جدی مداخله خارجی و شکست انقلاب در آن مقطع حزب توده ایران را بر آن داشت که از طرفین درگیر بخواهد به برخوردهای نظامی پایان دهند»

حزب توده ایران در دوران انقلاب ایران از رهبری روح‌الله خمینی پشتیبانی نمود و تا جایی پیش رفت که حتی صادق خلخالی را به عنوان نامزد خود در انتخابات مجلس معرفی کرد.^[۳۶] حزب توده ایران که از ابتدای تاسیس‌اش هم‌واره با پیشرفته‌ترین خواست‌های جنبش زنان ایران گره خورد بود، برای نشان‌دادن هم‌راهی هرچه بیشتر با روحانیون سنتی حاکم، زنان را تشویق به سر کردن «چادر ضدامپریالیستی» کرد و به زنان ایرانی توصیه کرد تا به «کلاس‌های خیاطی و آشپزی» بروند.^[۳۷] رهبران حزب توده «تمام و کمال» در کنار حکومت تازه‌تاسیس حاصل از انقلاب ۱۳۵۷ ایستادند و نقطه اشتراک خود را دشمنی با ایالات متحده آمریکا خواندند. اما رهبران حکومت تازه‌تاسیس جمهوری اسلامی این هم‌راهی یک‌سویه را برنتافتند و بی‌نیاز از آن با کمونیست‌هایی که به قول آن‌ها حامل «افکار الحادی» بودند، بر سر یک سفره ننشستند. پس از حذف دیگر گروه‌های سیاسی نوبت به حزب توده رسید. رهبران و کادرهای حزب دستگیر و روانه زندان‌ها شدند تا اندکی بعد تعدادی از آن‌ها که بیش از یک ربع قرن در زندان‌های حکومت شاهنشاهی مقاومت کرده بودند، تن به اعترافات تلویزیونی و مکتوب دادند و بسیاری از رهبران و هواداران نیز به جوخه‌های اعدام سپرده شدند.