وصيت‌نامه الهي- سياسي امام خميني (ره) خطاب به ملت و نمايندگان مجلس شوراي اسلامي بدين شرح است:
وصيت اينجانب به ملت در حال و آينده آن است كه با اراده مصمم خود و تعهد خود به احكام اسلام و مصالح كشور در هر دوره از انتخابات وكلاي داراي تعهد به اسلام و جمهوري اسلامي كه غالبا بين متوسطين جامعه و محرومين مي‌باشند و غير منحرف از صراط مستقيم به سوي غرب يا شرق و بدون گرايش به مكتب‌هاي انحرافي و اشخاص تحصيل كرده و مطلع بر مسائل روز و سياست‌هاي اسلامي، به مجلس بفرستند و به جامعه محترم روحانيت خصوصا مراجع معظم، وصيت مي‌كنم كه خود را از مسائل جامعه خصوصا مثل انتخاب رئيس جمهور و وكلاي مجلس، كنار نكشند و بي تفاوت نباشند.
همه ديديد و نسل آتيه خواهد شنيد كه دست سياست‌بازان پيرو شرق و غرب روحانيون را كه اساس مشروطيت را با زحمات و رنج‌ها بنيان گذاشتند از صحنه خارج گردند و روحانيون نيز بازي سياست‌بازان را خورد و دخالت در امور كشور و مسلمين را خارج از مقام خود انگاشتند و صحنه را به دست غرب زدگان سپردند و به سر مشروطيت و قانون اساسي و كشور و اسلام آن آوردند كه جبرانش احتياج به زمان طولاني دارد.

بازخواني انديشه هاي امام خميني (ره)
 

«از توطئه هاي بزرگ آنان - چنانچه اشاره شد و کرارا تذکر داده ام- به دست گرفتن مراکز تعليم و تربيت بخصوص دانشگاه هاست که مقدرات کشورها در دست محصولات آنهاست. روش [برخورد] آنان با روحانيون و مدارس علوم اسلامي، فرق دارد با روشي که در دانشگاه ها و دبيرستان ها دارند. نقشه آنان برداشتن روحانيون از سر راه و منزوي کردن آنان است، يا با سرکوبي و خشونت و هتاکي که در زمان رضاخان عمل مي شد ولي نتيجه معکوس گرفته شد يا با تبليغات و تهمت ها و نقشه هاي شيطاني براي جدا کردن قشر تحصيلکرده و به اصطلاح روشنفکر که اين هم در زمان رضاخان عمل مي شد و در رديف فشار و سرکوب بود و در زمان محمدرضا ادامه يافت بدون خشونت ولي موذيانه. اما در دانشگاه نقشه آن است که جوانان را از فرهنگ و ادب و ارزش هاي خودي منحرف کنند و به سوي شرق يا غرب بکشانند و دولتمردان را از بين اينان انتخاب و بر سرنوشت کشورها حکومت دهند تا به دست آنها هر چه مي خواهند انجام دهند و اينان کشور را به غارت زدگي و غرب زدگي بکشانند و قشر روحاني با انزوا و منفوريت و شکست، قادر به جلوگيري نباشند و اين بهترين راه است براي عقب نگهداشتن و غارت کردن کشورهاي تحت سلطه. زيرا براي ابرقدرتها بي زحمت و بي خرج و در جوامع بي سر و صدا هر چه هست به جيب آنان مي ريزد. پس اکنون که دانشگاه ها و دانشسراها در دست اصلاح و پاکسازي است بر همه ما لازم است به متصديان کمک کنيم و براي هميشه نگذاريم دانشگاه به انحراف کشيده شود و هر انحرافي به چشم خورد با اقدام سريع به رفع آن بکوشيم و اين امر حياتي بايد در مرحله اول با دست پرتوان جوانان دانشگاه ها و دانشسراها انجام گرفت که نجات دانشگاه از انحراف کشور و ملت است.»
وصيتنامه سياسي - الهي رهبر کبير انقلاب اسلامي امام خميني «ره»، صحيفه نور، ج 21، ص 185.

 

وصیّت
 
زمان: 25 آذر 22/1363 ربیع الاول 1405
مکان: تهران، جماران
بسم الله الرحمن الرحیم
کتاب «آداب الصلوه» را که خود از آن بهره ای نبرد م جز تاسف بر قصور و تقصیر بر ایام گذشته که توانایی برخود سازی داشتم، و حسرت و ندامت در روزگار پیری که دستم تهی و بارم سنگین و راهم بس دراز و پایم لنگ و آوای رحیل در گوش است، هدیه کرد م به فرزند عزیزم «احمد» که از قدرت جوانی کامیاب است؛ شاید او-ان شاء الله تعالی-از محتویات آن که از کتاب کریم و سنّت شریف و افادات بزرگان فراهم شده است، بهره مند شود و به معراج حقیقی از رهنمایی اهل معرفت راه یابد، و دل از این ظلمتکده برکَند، و به مقصد اصلی انسانیت که انبیای عظام و اولیای کرام-علیهم صلوات الله و سلامه-و اهل الله بر آن راه یافتند و دیگران را دعوت فرمودند، توفیق یابد.

«يک مرتبه ديگر در خاتمه اين وصيتنامه به ملت شريف ايران وصيت مي کنم که در جهان، حجم تحمل زحمت ها و رنج ها و فداکاري ها و جان نثاري ها و محرميت ها، مناسبِ حجم برزگي مقصود و ارزشمندي و علو رتبه آن است. آنچه که شما ملت شريف و مجاهد براي آن بپا خاستيد و دنبال مي کنيد و براي آن جان مال نثار کرده و مي کنيد والاترين و بالاترين و ارزشمندترين مقصد و مقصودي است که از صدر عالم در ازل و از پس اين جهان تا ابد عرضه شده است و خواهد شد و آن مکتب الوهيت به معني وسيع آن و ديده توحيد با ابعاد رفيع آن است که اساس خلقت و غايت آن در پهناور وجود در درجات و مراتب غيب و شهود است و آن در مکتب محمدي «صلي الله عليه و آله و سلم» به تمام معني و درجات و ابعاد متجلي شده و کوشش تمام انبياي عظام «عليهم السلام» و اولياي معظم «سلام الله عليهم» براي تحقق آن بوده ... 

‌ بسم‌الله الرحمن‌ الرحيم‌ 
قالَ رسولُالله ـ صلَّي‌الله عليه‌ و آله‌ و سلَّم‌: اِنّي‌ تاركٌ فيكُمُ الثّقلَيْنِ كتابَ اللهِ و عترتي‌ اهلَ بيتي‌؛ فإِنَّهُما لَنْ يَفْتَرِقا حَتّي‌' يَرِدَا عَلَيَّ الْحَوضَ. 
الحمدُلله و سُبحانَكَ؛ اللّ'هُمَّ صلِّ علي‌ محمدٍ و آلهِ مظاهر جمالِك‌ و جلالِك‌ و خزائنِ اسرارِ كتابِكَ الذي‌ تجلّي‌ فيه‌ الاَحديّةُ بِجميعِ أسمائكَ حتّي‌ المُسْتَأْثَرِ منها الّذي‌ لايَعْلَمُهُ غَيرُك‌؛ و اللَّعنُ علي‌ ظالِميهم‌ اصلِ الشَجَرةِ الخَبيثةِ. 
و بعد، اينجانب‌ مناسب‌ مي‌دانم‌ كه‌ شمه‌اي‌ كوتاه‌ و قاصر در باب‌ «ثقلين‌» تذكر دهم‌؛ نه‌ از حيث‌ مقامات‌ غيبي‌ و معنوي‌ و عرفاني‌، كه‌ قلم‌ مثل‌ مني‌ عاجز است‌ از جسارت‌ در مرتبه‌اي‌ كه‌ عرفان‌ آن‌ بر تمام‌ دايرة‌ وجود، از ملك‌ تا ملكوت‌ اعلي‌' و از آنجا تا لاهوت‌ و آنچه‌ در فهم‌ من‌ و تو نايد، سنگين‌ و تحمل‌ آن‌ فوق‌ طاقت‌، اگر نگويم‌ ممتنع‌ است‌؛ و نه‌ از آنچه‌ بر بشريت‌ گذشته‌ است‌، از مهجور بودن‌ از حقايق‌ مقام‌ والاي‌ «ثقل‌ اكبر» و «ثقل‌ كبير» كه‌ از هر چيز اكبر است‌ جز ثقل‌ اكبر كه‌ اكبر مطلق‌ است‌؛ و نه‌ از آنچه‌ گذشته‌ است‌ بر اين‌ دو ثقل‌ از دشمنان‌ خدا و طاغوتيان‌ بازيگر كه‌ شمارش‌ آن‌ براي‌ مثل‌ مني‌ ميسر نيست‌ با قصور اطلاع‌ و وقت‌ محدود؛ بلكه‌ مناسب‌ ديدم‌ اشاره‌اي‌ گذرا و بسيار كوتاه‌ از آنچه‌ بر اين‌ دو ثقل‌ گذشته‌ است‌ بنمايم‌. 

سیر بیماری امام خمینی   از روز اول خرداد ماه سال 1368 ه. ش. به طور جدی آغاز شد و تیم پزشکان تصمیم به جراحی دستگاه گوارش ایشان گرفتند. پس از عمل جراحی بیماری درمان نشد و سرانجام امام خمینی در ساعت 20/22 روز شنبه سیزدهم خرداد ماه سال 1368 به ملکوت اعلا پیوست.

با ارتحال امام خمینی، گویی زلزله ‏ای عظیم رخ داده است، بغضها ترکید و سرتاسر ایران و همه کانون هایی که در جهان با نام و پیام امام خمینی آشنا بودند، یکپارچه گریستند و بر سر و سینه زدند.

امام خمینی در سال 1308 ه. ش  با خانم  خدیجه ثقفی  ملقب به قدس ایران  ازدواج کرد. عقد آنان در ماه مبارک رمضان، در شاه عبدالعظیم منعقد ‌گردید. همسر امام خمینی دختر آیت‏ الله میرزا محمد ثقفی صاحب تفسیر روان جاوید، از علمای متجدد تهران و از شاگردان مرحوم آیت الله العظمی حائری یزدی بود. همسر امام خمینی که دارای هوش و حافظه ای فوق العاده بود، با پشتکار و علاقه علاوه بر گذراندن دوره دبیرستان قبل از ازدواج، به یادگیری دروس حوزوی پس از ازدواج به مدت 15 سال نزد امام خمینی پرداخت.