ملاصدرا، هنگامی که در کهک زندگی میکرد، برای عرض ادب و توسل به بارگاه کریمه اهل بیت فاطمه معصومه (س) مشرف میشد. وی درباره یکی از این تشرفات میگوید: دری از رحمت حق بر من گشوده شد و در این مورد معرفت جدیدی برایم حاصل شد.

ولادت
صدر الدین محمد شیرازی، معروف به «صدرالمتالهین» و «ملاصدرا»، حکیم، عارف، محدث و مفسر بزرگ شیعه و اسلام در سال 979 یا 980 (نهم جمادی الاولی) هجری قمری در شیراز به دنیا آمد.
پدر ملاصدرا ـ خواجه ابراهیم قوامی ـ سیاستمداری دانشمند و مؤمن بود و با وجود داشتن ثروت و عزت و مقام، هیچ فرزندی نداشت ولی سرانجام بر اثر دعا و تضرع فراوان به درگاه الهی، خداوند پسری به او داد که نامش را محمد گذاشتند.
سفرهای ملاصدرا/ سفر به قزوین
ظاهرا ملاصدرا در سن شش سالگی به همراه پدر به قزوین رفته و در کنار اساتید فراوانی که در همه رشتههای علمی در آن شهر بودند به آموزش مقدماتی و متوسطه پرداخته و زودتر از دیگران به دوره عالی رسیده است.
دو استاد بزرگ ملاصدرا
ملاصدرا در قزوین با دو دانشمند و نابغه بزرگ، یعنی شیخ بهاءالدین عاملی (شیخ بهایی) و میرداماد ـ که نه فقط در زمان خود، که حتی طی چهار قرنی که از آنها گذشته، بینظیر و سرآمد بودهاند ـ آشنا شد و به دروس آنان رفت. در ظرف مدتی کوتاه او نیز با نبوغ خود سرآمد شاگردان آنها شد.
شیخ بهاء نه فقط در فقه، حدیث، تفسیر، کلام و عرفان متخصص بود بلکه در نجوم و ریاضیات نظری و مهندسی و معماری و پزشکی و برخی از علوم غریبه هم استاد بود.
میرداماد، نابغه بزرگ دیگر، از همه دانشهای روزگار خود باخبر بود ولی حوزه درس او به فقه و حدیث و بیشتر به فلسفه اختصاص داشت. وی در دو شاخه مشائی و اشراقی فلسفه اسلامی ممتاز و سرآمد بود.
ملاصدرا بیشترین بهره خود را در فلسفه و عرفان از میرداماد گرفت و همواره او را مرشد و استاد حقیقی خود معرفی میکرد.
سفر ملاصدرا به اصفهان
با انتقال پایتخت صفویه از قزوین به شهر اصفهان (سال 1006 هـ ./ 1598 م) شیخ بهایی و میرداماد نیز به همراه شاگردان خود به این شهر آمدند و بساط تدریس خود را در آنجا گستردند. ملاصدرا که در آن زمان 26 تا 27 سال داشت، از تحصیل بینیاز شده بود.
بازگشت ملاصدرا به شیراز
ملاصدرا به احتمال قوی در حدود سال (1010 هـ / 1602 م) به شهر خود شیراز بازگشت.
رقبای او که از طرفی موقعیت اجتماعی خود را نزد دیگران در خطر میدیدند یا به انگیزه دفاع از عقاید خود و برخی شاید از روی حسادت، بنای بد رفتاری را با وی گذاشتند و آراء نو او را به مسخره گرفتند و به او توهین کردند.
هجرت ملاصدرا به قم
این رفتارها و فشارها با روح لطیف ملاصدرا نمیساخت و از طرفی ایمان و دین و تقوای او به او اجازه عمل مقابله به مثل را نمیداد، از اینرو از شیراز به صورت قهر بیرون آمد و به شهر قم رفت که در آن هنگام هنوز مرکز مهم علمی و فلسفی نشده بود.
ملاصدرا در خود شهر قم هم نماند و به سبب گرما و شاید دلایل اجتماعی مشابه شیراز به روستایی بنام کَهَکْ در نزدیک شهر قم منزل گزید و آثار خانه او در آن روستا هنوز باقی است.
عبادت و ریاضت ملا صدرا
ملاصدرا مدتی درس و بحث را رها کرد و همانگونه که خود در مقدمه کتاب بزرگ خود ـ اسفار ـ گفته است، عمر خود را به عبادت و روزه و ریاضت گذراند و از این فرصت که برایش فراهم شده بود استفاده کرد و مراحل و مقامات معنوی عرفانی را با شتاب بیشتری طی کرد و به بالاترین درجه معنویت رسید.
وی در این دوران ـ که از نظر معنوی دوران طلائی زندگانی اوست توانست به مرحله کشف و شهود غیب برسد و حقایق فلسفی را نه در ذهن که با دیده دل ببیند و همین سبب شد که مکتب فلسفی خود را کامل سازد.
وی تا حدود سال (1040 هـ / 1632 م) به شیراز باز نگشت و در روستای کهک قم ماند و شاگردان بزرگی را پرورش داد و در تمام این مدت به نوشتن کتب معروف خود مشغول بود یا رسالههایی در پاسخ فلاسفه همزمان خود مینوشت. دو تن از شاگردان معروف او به نام «فیاض لاهیجی» و «علامه فیض کاشانی» هستند که هر دو داماد ملاصدرا شدند و مکتب او را ترویج کردند.
بازگشت ملاصدرا به شیراز
در حدود سال (1039 ـ 1040 هـ / 1632 م) ملاصدرا به شیراز بازگشت. عقیده برخی بر آنستکه این بازگشت بسبب دعوت حاکم استان فارس یعنی اللهوردیخان از وی بوده، زیرا مدرسهای را که پدرش امام قلیخان بنا کرده بود به پایان برده و آنرا آماده برای تدریس فلسفه ساخته بود و با سابقه ارادتی که به ملاصدرا داشته وی را برای اداره علمی آن به شیراز دعوت کرده است.
ملاصدرا در شیراز نیز به تدریس فلسفه و تفسیر و حدیث اشتغال یافت و شاگردانی را پرورش داد. از کتاب سه اصل ـ که گویا در همان زمان در شیراز و به فارسی نوشته شده، و به علمای زمان خود اعم از فیلسوف و متکلم و فقیه و طبیعیدان حمله های سخت نموده ـ چنین بر میآید که در آن دوره نیز مانند دوره اول اقامت در شیراز زیر فشار بدگوئیها و بدخوئیهای دانشمندان همشهری خود بوده است ولی اینبار مقاوم شده و تصمیم داشته در برابر فشار آنها پایداری کند و مکتب خود را بر پا و معرفی و نشر نماید.
بقیه در ادامه