در سال سوم هجری، قریشیان از قبایل متحد خود بر ضد مسلمانان یاری خواستند و با لشکری مجهز به فرماندهی ابوسفیان، به سوی مدینه به راه افتادند. پیامبر(ص) نخست قصد داشت در مدینه بماند، ولی سرانجام بر آن شد تا برای مقابله با لشکر مکه از شهر بیرون رود. در جایی نزدیک کوه اُحُد، دو لشکر با یکدیگر روبه‌رو شدند و با اینکه نخست پیروزی با مسلمانان بود، ولی با ترفندی که خالد بن ولید به کار برد و با استفاده از غفلت گروهی از مسلمانان، مشرکان از پشت هجوم بردند و به کشتار آنان پرداختند. در این جنگ حمزه، عموی پیامبر(ص)، به شهادت رسید، پیامبر(ص) خود زخم برداشت و شایعه کشته‌شدن ایشان نیز موجب تضعیف روحیه مسلمانان شد. مسلمانان غمگین به مدینه بازگشتند و آیات قرآن که در این واقعه نازل شد، دربردارنده تسلیت بر مسلمانان است.

نخستین درگیری با یهودیان، چند هفته پس از جنگ بدر و پیروزی بزرگ مسلمانان رخ داد. یهودیان بنی قینقاع بیرون شهر مدینه در قلعه‌ای منزل داشتند و به کار زرگری و آهنگری می‌پرداختند. نوشته‌اند روزی زنی از عرب به بازار رفت و کالای خود را در بازار بنی قینقاع فروخت و بر در دکان زرگری نشست یکی از یهودیان جامه او را بر پشت وی گره زد، چون زن از جا برخاست جامه‌اش به یک سو رفت و یهودیان بدو خندیدند. زن فریاد برآورد و مسلمانان را به یاری خود خواند. ستیزه برخاست. مسلمانی به یاری زن، مرد یهودی را کشت. یهود برآشفتند و مسلمان را کشتند و فتنه بالا گرفت. پس از این حادثه پیامبر(ص) یهودیان را از پایان کار قریش ترساند و بدانها گفت اگر بخواهند اینجا بمانند باید تسلیم شوند. بنی قینقاع گفتند شکست مردم مکه تو را فریفته نگرداند، آنان مرد جنگ نبودند. اگر ما با تو جنگ کنیم به تو نشان خواهیم داد چکاره هستیم. این آیه درباره این یهودیان نازل شده است:

قُل لِّلَّذِینَ کفَرُ‌وا سَتُغْلَبُونَ وَتُحْشَرُ‌ونَ إِلَیٰ جَهَنَّمَ ۚ وَبِئْسَ الْمِهَادُ ﴿۱۲﴾ قَدْ کانَ لَکمْ آیةٌ فِی فِئَتَینِ الْتَقَتَا ۖ فِئَةٌ تُقَاتِلُ فِی سَبِیلِ اللَّهِ وَأُخْرَ‌یٰ کافِرَ‌ةٌ... (ترجمه: بگو به آنان که کافر شدند، به زودی مغلوب می‌گردید و در دوزخ گرد می‌شوید که بدجایگاهی است. همانا در دو دسته‌ای که با یکدیگر دیدار کردند برای شما نشانی بود، دسته‌ای در راه خدا کارزار می‌کرد و دسته دیگر کافر بود...)^{[ ۳–۱۲-۱۳]}

پیغمبر ناچار آنان را محاصره کرد و محاصره آنان ۱۵ شبانه روز طول کشید و چون تسلیم شدند، عبدالله بن ابی اصرار ورزید و پیغمبر از کشتن آنان درگذشت و آنان را به شام تبعید کرد. محاصره این دسته از یهودیان در ماه شوال سال دوم هجرت بود.^[۴۶]

از روزی که پیامبر(ص) پیمان دوم عقبه را با مردم مدینه بست، پیش‌بینی می‌شد که درگیری با قریش حتمی خواهد بود.^[۴۲] نخستین غزوه در ماه صفر سال دوم هجرت بود که آن را غزوه ابواء و یا ودّان نامیده‌اند. در این لشکرکشی درگیری پیش نیامد. پس از آن، غزوه بُواط در ربیع الاول بود که در آن هم درگیری رخ نداد. در جمادی الاول خبر رسید که کاروان قریش به سرکردگی ابوسفیان از مکه عازم شام است. پیغمبر به سروقت آنان تا ذات العشیرة رفت ولی کاروان از پیش گذشته بود. این غزوه‌ها از آن رو بی‌نتیجه می‌ماند که جاسوسانی در داخل مدینه از تصمیم پیغمبر آگاه می‌شدند و پیش از حرکت نیرو، خود را به کاروان می‌رساندند و آنان را از خطری که در پیش داشتند آگاه می‌کردند. کاروان هم یا مسیر خود را تغییر می‌داد و یا در رفتن شتاب می‌کرد.^[۴۳]

سرانجام در همان سال دوم هجری، مهم‌ترین برخورد نظامی مسلمانان و مشرکان پیش‌ آمد. در نبردی که به جنگ بدر مشهور شد، با آنکه عده مسلمانان کمتر از مکیان بود، توانستند پیروزی را از آن خود کنند و از مشرکان، بسیاری کشته و اسیر شدند و دیگران نیز گریختند.^[۴۴] در این جنگ ابوجهل و عده‌ای دیگر (۷۰ تن؟) از مهتران و مهترزادگان قریش کشته شد و همین اندازه اسیر گردیدند. از مسلمانان تنها ۱۴ تن شهید گشت. در جنگ امیرالمؤمنین علی علیه‌السلام، گذشته از فداکاری‌ها و یاوری‌ها که به پیغمبر(ص) کرد، پشت سپاه اسلام بود و چند تن از دلاوران مکه که به شجاعت معروف بودند به دست او کشته گشتند (در این جنگ ۳۶ یا ۳۷ نفر از قریشیان به دست وی کشته شدند) و شجاعت حضرتش بود که پیروزی لشکر را مسلّم ساخت.^[۴۵]

مطابق نقل مشهور، پیغمبر(ص) تا ۱۷ ماه پس از ورود به مدینه هنگام نماز رو به مسجد الاقصی می‌ایستاد. یهودیان می‌گفتند: محمد قبله نداشت تا آنکه ما به او یاد دادیم. رسول خدا(ص) از این سرزنش آزرده خاطر بود. روزی که در مسجد بنی سلمه نماز ظهر می‌خواند، در شعبان سال دوم، در بین نماز این آیه بر وی نازل شد:

قَدْ نَرَى تَقَلُّبَ وَجْهِكَ فِي السَّمَاءِ فَلَنُوَلِّيَنَّكَ قِبْلَةً تَرْضَاهَا فَوَلِّ وَجْهَكَ شَطْرَ الْمَسْجِدِ الْحَرَامِ وَحَيْثُ مَا كُنْتُمْ فَوَلُّوا وُجُوهَكُمْ شَطْرَهُ وَإِنَّ الَّذِينَ أُوتُوا الْكِتَابَ لَيَعْلَمُونَ أَنَّهُ الْحَقُّ مِنْ رَبِّهِمْ وَمَا اللَّهُ بِغَافِلٍ عَمَّا يَعْمَلُونَ (ترجمه: نگريستنت را به اطراف آسمان مى‌بينيم. تو را به سوى قبله‌اى كه مى‌پسندى مى‌گردانيم. پس روى به جانب مسجدالحرام كن. و هر جا كه باشيد روى بدان جانب كنيد. اهل كتاب مى‌دانند كه اين دگرگونى به حق و از جانب پروردگار آنان بوده است. و خدا از آنچه مى‌كنيد غافل نيست.)^{[ بقره–۱۴۴]}

پیغمبر(ص) در همان حال روی را از بیت المقدس به طرف کعبه کرد. این مسجد در تاریخ اسلام به مسجد ذوقبلتین معروف شده است. تغییر قبله از مسجد الاقصی به مکه بر یهود و منافقان گران افتاد. نشانه آن این است که بر مسلمانان خرده می‌گرفتند که چرا تاکنون در نماز به مسجد اقصی رو می‌کردید و اکنون قبله شما تغییر یافت. این آیه در پاسخ نکوهش کنندگان آمده است:

سَيَقُولُ السُّفَهَاء مِنَ النَّاسِ مَا وَلاَّهُمْ عَن قِبْلَتِهِمُ الَّتِي كَانُواْ عَلَيْهَا قُل لِّلّهِ الْمَشْرِقُ وَالْمَغْرِبُ يَهْدِي مَن يَشَاء إِلَى صِرَاطٍ مُّسْتَقِيمٍ (ترجمه: به زودی بیخردان مردم می‌گویند چه چیز ایشان را از قبله‌ای که بر آن بودند برگرداند؟! بگو: خاور و باختر از آن خداست؛ او هر که را می‌خواهد به راه راست هدایت می‌کند.)^{[ بقره–۱۴۴]}

با آن که بیشتر مردم یثرب مسلمان و یا موافق پیغمبر بودند، چنین نبود که شهر و اطراف آن در بست مطیع و آرام باشد. عبدالله بن ابی، که مقدمات ریاست او بر شهر آماده شده و با رسیدن محمد (ص) به یثرب از این مقام محروم مانده بود، بیکار نمی‌نشست و با آن که به ظاهر خود را مسلمان می‌خواند، در نهان علیه محمد (ص) و مسلمانان توطئه می‌کرد و با یهود مدینه نیز سر و سرّی داشت.^[۳۸]

این گروه، که نخستین دسته‌های آیات مدنی قرآن آنان را منافقان خوانده است، در راه پیغمبر و مسلمانان مشکلاتی پدید آوردند. چاره این دسته مشکل‌تر از مشرکان و یهودیان بود، زیرا اینان نزد مسلمانان خود را مسلمان می‌خواندند و پیغمبر به حکم ظاهر اسلام نمی‌تواست با آنان بجنگد.^[۳۹] آیه‌های قرآن گاهگاه آنان را تهدید می‌کرد که خدا و پیغمبر از درون شما آگاهند. و می‌دانند که شما مسلمانی را سپر سلامت خویش ساخته اید:

إِذَا جَاءَک الْمُنَافِقُونَ قَالُوا نَشْهَدُ إِنَّک لَرَ‌سُولُ اللَّهِ ۗ وَاللَّهُ یعْلَمُ إِنَّک لَرَ‌سُولُهُ وَاللَّهُ یشْهَدُ إِنَّ الْمُنَافِقِینَ لَکاذِبُونَ (ترجمه: گاهی که منافقان نزد تو آیند گویند ما گواهی می‌دهیم که تو فرستاده خدایی! و خدا می‌داند که تو فرستاده اویی و خدا گواهی می‌دهد که منافقان دروغ می‌گویند)^{[ منافقون–۱]}

کارشکنی عبدالله در راه اسلام تا سال مرگ او (۹ق.) همچنان ادامه داشت. یهودیان با آن که در پیمان نامه مدینه دارای حقوقی شده بودند تا آنجا که از غنیمت جنگی هم نصیب می‌بردند، و با آن که نخست روی موافق به مسلمانان نشان دادند و چند تن از آنان به دین اسلام درآمدند، سرانجام ناخشنودی نمودند. علت این ناخشنودی آن بود که آنان گذشته از تسلط بر اقتصاد یثرب، با عربهای بیابانی و نیز با مشرکان مکه داد و ستد داشتند و انتظار می‌بردند که با ریاست عبدالله بن ابی بر مدینه نفوذ اقتصادی آنان توسعه یابد؛ اما رسیدن محمد (ص) بدین شهر و شیوع اسلام مانع این نفوذ شد. گذشته از این، یهودیان بر خود هموار نمی‌کردند که کسی را که از نسل یهود نیست به پیغمبری بشناسند. این بود که آنها هم پس از چندی مخالفت خود را با محمد (ص) آشکار کردند. ظاهراً عبدالله بن ابی نیز در تحریک آنان بی‌اثر نبود. یهودیان گفتند آن پیغمبر که ما انتظار او را داشتیم محمد نیست و در مقابل آیات قرآن، تورات و انجیل را به رخ مسلمانان می‌کشیدند و می‌گفتند آنچه قرآن می‌گوید با آنچه در کتاب‌های ماست، یکی نیست. آیات متعددی از قرآن در این باره نازل شد که به موجب آن آیات در طول زمان تورات و انجیل دستخوش تحریف شده است و دانشمندان یهود برای آن که مقام خود را حفظ کنند آن آیات را دگرگون کرده‌اند. سرانجام قرآن به یکباره رابطه اسلام را با یهود و نصاری برید و برای آن که به عرب بفهماند آنان در مقابل یهود امتی جداگانه هستند گفت: عرب بر ملت ابراهیم و ابراهیم جد اعلای اسرائیل است:

يَا أَهْلَ الْكِتَابِ لِمَ تُحَآجُّونَ فِي إِبْرَاهِيمَ وَمَا أُنزِلَتِ التَّورَاةُ وَالإنجِيلُ إِلاَّ مِن بَعْدِهِ أَفَلاَ تَعْقِلُونَ﴿۶۵﴾ هَاأَنتُمْ هَؤُلاء حَاجَجْتُمْ فِيمَا لَكُم بِهِ عِلمٌ فَلِمَ تُحَآجُّونَ فِيمَا لَيْسَ لَكُم بِهِ عِلْمٌ وَاللّهُ يَعْلَمُ وَأَنتُمْ لاَ تَعْلَمُونَ﴿۶۶﴾مَا كَانَ إِبْرَاهِيمُ يَهُودِيًّا وَلاَ نَصْرَانِيًّا وَلَكِن كَانَ حَنِيفًا مُّسْلِمًا وَمَا كَانَ مِنَ الْمُشْرِكِينَ﴿۶۷﴾ (ترجمه: ای اهل کتاب چرا در ابراهیم خصومت می‌کنید؟ مگر نه این است که تورات و انجیل پس از ابراهیم فرستاده شده است؟ شما در آنچه می‌دانید خصومت کردید. چرا در چیزی که نمی‌دانید خصومت می‌کنید؟ در حالی که خدا می‌داند و شما نمی‌دانید. ابراهیم نه یهودی بود و نه ترسا و نه مشرک بلکه مسلمانی پاک اعتقاد بود.)^{[ آل عمران–۶۵-۶۷]}

درباره روز خروج پیامبر (ص) از مکه و رسیدن او به مدینه، میان سیره‌نویسان اختلاف است. ابن هشام که خط سیر او را ضبط کرده، می‌نویسد نیمروز دوشنبه ۱۲ ربیع‌الاول به قبا رسید. ابن کلبی، خارج شدن پیامبر را دوشنبه اول ربیع الاول و رسیدن او به قبا را جمعه دوازده ربیع الاول آن ماه نوشته است. بعضی دیگر نوشته‌اند روز ۸ ربیع‌الاول به آنجا رسید. مورخان متأخر اسلامی و اروپایی نوشته‌اند که پیامبر ۹ روز در سفر بود و روز ۱۲ ربیع الاول سال ۱۴ بعثت برابر با ۲۴ سپتامبر ۶۲۲م به قبا در نزدیکی مدینه رسید.

هجرت پیامبر از مکه به مدینه مبدأ تاریخ مسلمانان قرار گرفت. رسول خدا(ص) هنگام توقف در قبا مسجدی بنا کرد که مسجد قبا نام گرفت^[۳۳].

علی(ع) سه روز پس از هجرت پیغمبر(ص) در مکه ماند، امانت‌های مردم نزد رسول خدا را به صاحبان آنها برگرداند، سپس با زنانی از بنی‌هاشم که فاطمه(س) جزء آنان بود، به مدینه رفت و در قبا در خانه کلثوم بن هدم به پیغمبر ملحق شد^[۳۴].

پیغمبر (ص)، جمعه دوازده ربیع الاول با گروهی از بنی النجار روانه مدینه شد. نخستین نماز جمعه را در قبیله بنی سالم بن عوف گزارد. هنگام ورود به شهر، بزرگ هر قبیله یا رئیس هر خانواده می‌خواست پیغمبر را به خانه خود ببرد تا افتخاری بیش از دیگران بیابد، محمد (ص) گفت هر جا شترم بر زمین بخوابد، منزل خواهم کرد. محمد (ص) در پاسخ دعوت‌کنندگان گفت شتر من مأمور است و می‌داند به کجا برود. شتر در میان خانه‌های بنی مالک بن نجار، در زمینی که دو یتیم مالک آن بودند، بر زمین نشست. پیامبر زمین را از معاذ بن عفراء، سرپرست آن دو خرید و در آن مسجدی ساخت که اساس مسجدالنبی است. ابوایوب انصاری بار و اسباب سفر پیامبر را به خانه برد و محمد (ص) تا روزی که حجره‌ای برای وی ترتیب دادند، نزد ابوایوب به سر برد. محمد (ص) در ساختن مسجد با مسلمانان همکاری کرد. در یک سوی مسجد، صفه‌ای ساخته شد تا یاران مستمند او در آن سکونت کنند. کسانی که در این صفه به سر می‌بردند، همان کسانی هستند که اصحاب صفه خوانده شده‌اند^[۳۵].

روز به روز بر شمار مهاجران افزوده می‌شد و انصار که اینک به ساکنان پیشین یثرب اطلاق می‌شد، آنان را در منزل خویش جای می‌دادند. پیامبر(ص) نخست میان انصار و مهاجران، پیمان برادری برقرار کرد و خود علی بن‌ابی‌طالب(ع) را به برادری گرفت.^[۳۶] عده‌ای اندک نیز بودند که اگرچه به ظاهر ادعای اسلام می‌کردند، ولی به دل ایمان نیاورده بودند و اینان را منافقان می‌نامیدند. مدتی پس از ورود به مدینه، پیامبر(ص) با اهالی شهر، از جمله یهودیان، پیمانی بست تا حقوق اجتماعی یکدیگر را رعایت کنند.^[۳۷] (نک: نخستین پیمان نامه عمومی در اسلام)

سال ۱۳ بعثت، در موسم حج، ۷۳ مرد و زن از قبیله خزرج، پس از فراغت از مراسم حج در عقبه گرد آمدند. پیامبر با عموی خود عباس بن عبدالمطلب نزد آنان رفت. نوشته‌اند نخستین سخنگو عباس بود که گفت:

ای مردم خزرج! محمد از ماست و تا آن جا که در توان ما بود او را از گزند مردم بازداشتیم. اکنون او می‌خواهد نزد شما بیاید اگر در توان خود می‌بینید که او را حمایت کنید و شر مخالفان را از او بازدارید چه بهتر وگرنه از همین حالا او را رها کنید.

آنان در پاسخ عباس گفتند:

سخن تو را شنیدیم، اکنون ای رسول خدا! آن چه نزد تو و خدای تو پسندیده است بگو!

پیغمبر آیاتی از قرآن خواند و سپس گفت:

با شما بیعت می‌کنم که از من همچون کسان خود حمایت کنید.

نمایندگان مردم مدینه با او بیعت کردند که با دشمن او دشمن، و با دوست او دوست باشند و با هر که با وی به جنگ برخاست جنگ کنند. بدین‌سان این بیعت را بَیعَة الحرب نامیدند. پس از این بیعت، پیامبر به مسلمانان اجازه داد به یثرب بروند. در تاریخ اسلام آنان که از مکه به مدینه رفتند، مهاجران و کسانی که در مدینه مهاجران را پذیرفتند انصار نامیده شدند^[۳۱].

توطئه دار النَدوة وقتی قریش از پیمان پیامبر با مردم یثرب و پشتیبانی آنان از محمد (ص) مطلع شدند، پیمان‌های قبیله‌ای را نادیده گرفتند و برای کشتن پیامبر (ص) توطئه کردند. اما کشتن او کار آسانی نبود، چرا که بنی هاشم در پی خونخواهی برمی‌آمدند. قریشیان برای یافتن راهی مناسب، نشستی در دارالندوه ترتیب دادند و سرانجام به این نتیجه رسیدند که از هر قبیله‌ای جوانی آماده شود تا دسته‌جمعی بر سر محمد (ص) بریزند و همه یکباره شمشیرهای خود را به او بزنند و او را بکشند؛ در این صورت، کشنده او یک تن نخواهد بود و بنی‌هاشم نمی‌توانند به خونخواهی وی برخیزند، زیرا جنگ با همه تیره‌ها برای آنان مقدور نیست و ناچار به گرفتن خون‌بها راضی خواهند شد.

در شب اجرای توطئه قریش، پیامبر به فرمان خدا از مکه خارج شد و علی(ع) در بستر او خوابید (نک: لیلة المبیت)، پیامبر با ابوبکر بن ابی قحافه عازم یثرب شد و سه روز در غاری نزدیک مکه که ثور نام داشت، توقف کرد تا کسانی که آن دو را تعقیب می‌کردند، ناامید شدند. پیامبر سپس از بیراهه به یثرب رفت.^[۳۲].

شش تن از قبیله خزرج در سال یازدهم بعثت، در مراسم حج با پیامبر دیدار کردند و پیامبر دین خود را بر آنها عرضه کرد. آنها با پیامبر عهد بستند که پیام دین محمد (ص) را به مردم خود ابلاغ کنند. سال بعد، در وقت حج، دوازده تن از مردم مدینه در عقبه با محمد (ص) بیعت کردند. بیعت آنان این بود که به خدا شرک نورزند، دزدی نکنند، زنا نکنند، فرزندان خود را نکشند (نک: زنده به گور کردن دختران)، تهمت نزنند، و در کارهای خیر که محمد (ص) دستور می‌دهد از او اطاعت کنند. پیغمبر(ص) مُبلّغی را به نام مصعب بن عمیر همراه آنان به یثرب فرستاد تا قرآن را به مردم تعلیم دهد و آنان را به اسلام دعوت کند. ضمناً می‌خواست از وضع شهر و مقدار استقبال مردم از اسلام مطلع شود.[۳۰]

اندکی پس از خروج پیامبر(ص) و پیروانش از شعب ابی‌طالب، خدیجه و ابوطالب، همسر و عمویش که نقش فراوانی در حفظ و گسترش اسلام داشتند، درگذشتند^[۲۸] (نک: عام الحزن). با درگذشت ابوطالب، پیامبر(ص) یکی از جدی‌ترین حامیان خود را از دست داد و مشرکان با فرصت به دست آمده بر اذیت و آزار پیامبر(ص) و مسلمانان افزودند. کوشش پیامبر(ص) برای دعوت ساکنان خارج مکه، به‌ویژه طائف، به جایی نرسید^[۲۹] (نک: سفر پیامبر(ص) به طائف).

پس از پیشرفت روزافزون اسلام در مکه، و همچنین مخالفت نجاشی با بازگرداندن نومسلمانان، قریشیان، محمد (ص) و بنی هاشم را در فشار اقتصادی و اجتماعی قرار دادند. آنها عهدنامه‌ای نوشتند و متعهد شدند که به فرزندان هاشم و عبدالمطلب، زن ندهند یا از آنان زنی نخواهند، چیزی به آنان نفروشند و چیزی از آنان نخرند. آنان عهدنامه را در خانه کعبه آویختند. پس از آن، بنی هاشم و بنی عبدالمطلب در دره شعب ابی یوسف که بعدها شعب ابی طالب خوانده شد، ساکن شدند^[۲۷].

انزوای بنی هاشم دو یا سه سال طول کشید. در این مدت که آنان در سختی به سر می‌بردند، چند تن از خویشاوندان، شبانه برای آنها گندم می‌بردند. شبی ابوجهل که سخت با بنی‌هاشم دشمنی می‌کرد، از این ماجرا آگاه شد و مانع حکیم بن حزام که برای خدیجه بار گندم می‌برد، شد. دیگران مداخله کردند و ابوجهل را سرزنش کردند. اندک اندک گروهی پشیمان شده و به حمایت از بنی‌هاشم برخاستند. آنها می‌گفتند چرا بنی مخزوم در نعمت به سر ببرند و پسران هاشم و عبدالمطلب در سختی بمانند. سرانجام گفتند این عهدنامه باید باطل شود. جمعی از شرکت‌کنندگان در پیمان، تصمیم گرفتند آن را پاره کنند. به روایت ابن هشام از ابن اسحاق، وقتی سراغ پیمان‌نامه رفتند، دیدند موریانه آن را خورده و تنها جمله «باسمک اللهم» از آن باقی مانده است.^[۲۷]

ابن هشام می‌نویسد: «ابوطالب به انجمن قریش رفت و گفت: برادرزاده‌ام می‌گوید موریانه پیمان‌نامه‌ای را که نوشته‌اید خورده و تنها نام خدا را باقی گذاشته. ببینید اگر سخن او راست است محاصره ما را بشکنید و اگر دروغ می‌گوید او را به شما خواهم سپرد. چون به سروقت نامه رفتند دیدند موریانه همه آن را جز نام خدا خورده است. بدین ترتیب پیمان محاصره بنی‌هاشم شکسته شد و آنان از شعب (دره) ابوطالب بیرون آمدند.^[۲۷]»