ابوسفیان در سال ۴ هجری گروهی را به بدر آورد، اما در وسط راه پشیمان شد و برگشت. این بازگشت موقعیت فرماندهی او را در نظر بزرگان قریش ضعیف کرد و ناچار شد به تهیه سپاه بزرگ و منظمی بپردازد. سرانجام در سال پنجم هجرت سپاهی بین هفت تا ده هزار تن فراهم آورد که ششصد تن سواره جزء آنان بود. این لشکر بزرگ رو به مدینه نهاد. چون سپاه از قبیلههای مختلف عرب تشکیل شده بود این جنگ را احزاب نامیدهاند. بعلاوه، در این جنگ گروهی از یهودیان بنی نضیر که در خیبر به سر میبردند با قریش و قبیله غطفان علیه پیغمبر متحد شدند. یهودیان بنی قریظه نیز که پیرامون مدینه سکونت داشتند و متعهد بودند که قریش را یاری نکنند پیمان شکنی و با مردم مکه همدست شدند. در مقابل این لشکر انبوه، پیغمبر فقط سه هزار سپاهی داشت که به جز چند تن، بقیه پیاده بودند.
مردم مدینه برخلاف جنگ احد این بار پذیرفتند که شهر حالت دفاعی به خود بگیرد. دراین جنگ بود که به صلاح دید سلمان فارسی، برای حفاظت شهر، خندقی کندند. مدینه از سه سو به وسیله نخلستان و ساختمان محفوظ بود و دشمن نمیتوانست از این سه جانب به شهر حمله برد؛ و با کندن خندقی در شمال، آن سمت نیز از هجوم سواران دشمن محفوظ ماند. پیش از آن که سپاه مکه به نزدیکی مدینه رسد کار کندن خندق پایان یافت. چون دشمن بدانجا رسید در شگفت ماند، چه، تا آن روز چنان مانعی برای پیشروی جنگی ندیده بود. سواران نمیتوانستند از خندق بجهند و چون پیش میآمدند تیراندازان به آنها مجال نمیدادند.
عمرو بن عبدود و عکرمه بن ابی جهل تصمیم گرفتند از خندق عبور کنند. عمرو که شجاعی نامدار بود به دست علی(ع) کشته شد. به صورت ظاهر جنگ خندق برای مدینه زیان آور بود. سپاهاندک مسلمانان در مقابل آن لشکر انبوه چه میتوانست بکند؟ پیغمبر نخست خواست قبیله غطفان را از جمع لشکریان جدا کند. بدانها پیام داد یک سوم محصول مدینه از آن شما به شرطی که با قریش همکاری نکنید. انصار مدینه از پیغمبر پرسیدند: این مصالحه وحی آسمانی است؟ گفت: نه. گفتند: در این صورت ما تن به چنین شکستی نمیدهیم. آن روزها که خدا ما را به دین اسلام هدایت نکرده بود به خواری تن در نمیدادیم، امروز که خدا به سبب تو ما را رستگار ساخته چگونه ممکن است خود را زبون سازیم. در نتیجه آن مصالحه انجام نشد.
اما یک دوتن از مسلمانان که اسلام خود را آشکار نمیکردند، از یک سو با بنی قریظه و از سوی دیگر با غطفان مربوط شدند، و آن دو را نسبت به هم بدبین کردند. قضای آسمانی هم یاری کرد. باد و سرما درگرفت و کار بر سپاهیان مکه دشوار شد. ابوسفیان دستور بازگشت داد و مدینه پس از پانزده روز محاصره از خطر جست.
پایان جنگ احزاب آن چنان که برای مسلمانان امیدبخش بود، برای مکه مصیبتهای فراوانی به بار آورد. مسلّم شد که بازرگانان قریش بازار مدینه را برای همیشه از دست دادهاند. به علاوه، قدرت مدینه راه بازرگانی مکه به سوریه را به خطر انداخته است و بازرگانان قریش دیگر نمیتوانند آسوده به کار خود مشغول باشند. موقعیت فرماندهی ابوسفیان در نظر قریش متزلزل شد. حشمت قریش در دیده دیگر قبیلهها در هم شکست. پدید آمدن حوادث غیر منتظره که سپاهی بدان بزرگی را از دروازههای شهر ناکام برگرداند، بعضی عربهای بدوی را نسبت به اسلام متمایل ساخت و یقین کردند نیروی خارق العادهای مسلمانان را یاری میکند و پس از این جنگ بود که جریان کار به نفع مسلمانان تغییر کرد.[۵۰]
پس از پایان نبرد احزاب، پیغمبر به سروقت یهود بنی قریظه رفت. این یهودیان به موجب پیمان مدینه، مادام که علیه مسلمانان قیام نمیکردند، در امان بودند، اما آنان در جنگ احزاب با دشمنان اسلام متحد شدند. معلوم بود که باید خطر این دسته نیز آسان گرفته نشود. پیمغبر به سروقت ایشان رفت و آنان را محاصره کرد. سرانجام پس از ۲۵ شب، تسلیم شدند. قبیله اوس که با بنی قریظه پیمان داشتند به پیغمبر گفتند: بنی قریظه هم پیمانهای ما هستند و از کاری که کردهاند پشیمان شدهاند؛ با هم پیمانهای ما هم مانند هم پیمانان خزرج (بنی قینقاع) رفتار کن، چنانکه دیدیم پیغمبر آن دسته از اسیران یهود را به عبدالله بن ابی که هم پیمان آنان بود بخشید. پیغمبر داوری اسیران بنی قریظه را به سعد بن معاذ، رئیس قبیله اوس، واگذار کرد. بنی قریظه نیز رضا دادند. سعد گفت: رأی من این است که مردان آنها کشته و زنان و فرزندان آنان اسیر گردند. بر طبق داوری سعد خندقها کندند و مردان بنی قریظه را کنار آن خندق گردن زدند.[۵۱]
البته مورخان در داستان بالا اختلاف دارند. شهیدی مینویسد: به نظر میرسد داستان بنی قریظه سالها پس از تاریخ واقعه و هنگامی که نسل حاضر در آن محاصره برافتاد به وسیله داستانگویی که از تیره خزرج بوده است دستکاری شده و به تحریر درآمده باشد، تا بدین وسیله نشان دهند که حرمت طایفه اوس نزد پیامبر(ص) بهاندازه طایفه خزرج نبود و برای همین است که پیغمبر همپیمانهای خزرج را نکشت، اما همپیمانان اوس را گردن زد. و نیز خواسته است نشان دهد که رئیس قبیله اوس جانب همپیمانهای خود را رعایت کرده است.[۵۲]
در سال ۶ق، مسلمانان توانستند قوم بنیمُصْطَلِق را که بر ضد پیامبر(ص) درصدد تجمع بودند، شکست دهند.[۵۳]